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BSA分析算法中的ED算法和SNP-index有什么区别？

ED和snp-index是进行BSA基因定位时最常用的算法，本文简述了两者的区别。

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  • omics007
  • 发布于 2019-08-02 12:30
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看懂变异记录结果文件（VCF）

做过DNA重测序，群体遗传进化，BSA，GWAS等项目的人都会遇到VCF文件，这个文件记录了全基因组的变异信息，如果不懂VCF文件就无法进行后续分析。

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  • omicsgene
  • 发布于 2018-04-20 19:29
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BSA分析之MutMap分析原理详解！

BSA分析之MutMap分析原理详解！

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  • omicsgene
  • 发布于 2020-06-08 13:32
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变异结果 vcf 格式转换成 hapmap格式

格式转换

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  • omicsgene
  • 发布于 2019-05-09 15:38
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MutMap+和mutmap分析差异（BSA）

MutMap+和mutmap分析差异，一个为啥用SNP-index就可以，另外一个为啥用ΔSNP-index

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  • omicsgene
  • 发布于 2018-07-30 14:27
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性价比超高5个重测序发IF=6遗传进化文章

混池测序做遗传进化，分析受选择基因

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  • omicsgene
  • 发布于 2018-04-22 15:02
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SNP 过滤标准保证数据质量及参考文献：

最近有审稿人问我们的SNP过滤标准的合理解释，这里总结一下相关的参考文献和标准的出处

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  • omicsgene
  • 发布于 2024-04-12 16:59
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bcftools建索引报错：Chromosome blocks not continuous

bcftools建索引时报错“染色体区段不连续”

老师您好，请问在群体遗传进化中，模板数据黄瓜的分组，sample 是指的什么？是测序数据下机的样品编号？

不太理解就是当所有的下机数据合并成vcf文件，后续需要建树和扫描清除分析时应该怎么填写分组txt？

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  • shidandan
  • 发布于 2023-11-02 09:41
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基因组重测序docker镜像更新到2.0

基因组重测序docker镜像更新到2.0

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  • omicsgene
  • 发布于 2023-10-16 10:12
  • 阅读 ( 1663 )

CNVnator 安装报错

CNVnator 安装报错

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  • omicsgene
  • 发布于 2023-10-11 14:42
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ANNOVAR 基于gff中基因的位置简单注释

ANNOVAR 基于gff中基因的位置简单注释

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  • omicsgene
  • 发布于 2023-06-13 09:46
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stacks RAD 分析方法

stacks RAD 分析方法

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  • 发布于 2023-04-19 13:40
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多款软件进行vcf合并--gatk、vcftools、bcftools

链接：https://www.jianshu.com/p/116c8e4c93f4

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  • 星莓
  • 发布于 2022-09-21 18:00
  • 阅读 ( 6423 )

GATK外显子测序数据肿瘤体细胞突变数据分析

GATK外显子测序数据肿瘤体细胞突变数据分析

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  • 发布于 2022-02-11 16:14
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vcf文件annovar的注释结果绘制瀑布图maftools分析

vcf文件annovar的注释结果绘制瀑布图maftools分析

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  • 发布于 2022-01-04 13:04
  • 阅读 ( 3686 )

bcftools call SNP

bcftools call SNP

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  • 发布于 2021-09-22 18:16
  • 阅读 ( 2332 )

BSA分析中MutMap 分析：95% 99%阈值置信区间是如何计算的

BSA分析中MutMap 分析：95% 99%阈值置信区间是如何计算的

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  • 发布于 2020-07-21 13:02
  • 阅读 ( 4093 )

BSA分析中QTL-seq 分析：95% 99%阈值置信区间是如何计算的

BSA分析中QTL-seq 分析：95% 99%阈值置信区间是如何计算的

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  • 发布于 2020-07-21 12:51
  • 阅读 ( 4836 )

GATK Hard-filter 过滤变异结果推荐阈值

GATK Hard-filter 过滤变异结果推荐阈值

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  • 发布于 2020-06-25 09:38
  • 阅读 ( 6667 )