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多分组venn图绘制脚本

绘制多分组venn图时发现好多包都不支持，只能用原始的包，脚本如下 #!/share/work/biosoft/R/latest/bin/Rscriptargs <- commandArgs(trailingOnly = TRUE)library(venn)library(VennDiagra...

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  • xun
  • 发布于 2023-05-30 18:05
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教你画多物种基因家族局部共线性分析图

教你画多物种基因家族局部共线性分析图

怎样画多物种基因家族共线性分析图？

基因家族共线性分析，利用python 版本的MCScanX分析物种之间分共线性

基因家族共线性分析，利用python 版本的MCScanX分析物种之间分共线性

基因家族扩张或收缩，利用python 版本的MCScanX分析物种之间分共线性

跟着文献学做图 | 用蛋白质序列做主成分分析（PCA）

提到主成分分析，一般我们都是使用Plink，GCTA等软件基于SNP数据来操作，那么如果我们用蛋白质序列，能不能做主成分分析，如何做呢？ 答案是可以做，让我们一起来学习怎样做出与文献一样的图吧~

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  • 星莓
  • 发布于 2022-11-03 16:49
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使用DNA序列做主成分分析（PCA）——R语言adegenet包

提到主成分分析，一般我们都是使用Plink，GCTA等软件基于SNP数据来操作，那么如何用DNA序列做主成分分析呢？ 思路是先比对，之后使用R语言的adegenet包把比对的数据转换成snp数据，用到的函数是fasta2genlight()，再进行PCA分析及绘图。

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  • 星莓
  • 发布于 2022-10-31 11:33
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AI保存PNG/PDF/JPG时“出现了未知错误”的解决办法

AI保存PNG/PDF/JPG时“出现了未知错误”的解决办法

利用Hiplot网站进行热图绘制

在生信分析的过程中绘制热图可以直观呈现多样本多基因的全局表达量变化，也可以呈现多样本或多基因表达量的聚类关系。 而绘制生信热图的方法有很多，常用的有MeV软件、Excel、R语言ggplots绘图...

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  • rzx
  • 发布于 2021-11-16 10:26
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进化树+基因表达热图二合一靓图绘制教程

在阅读文章的时候，我们经常会看到一棵漂亮的进化树，如下图，拟南芥WRKY基因家族的进化树，最外层是基因表达量热图，中层是基因ID，里层为拟南芥基因之间的进化关系，不仅直观地展现了物种的进...

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  • rzx
  • 发布于 2021-11-16 09:52
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Evolview输出图片缺失标签（叶）

在对进化树进行美化时，明明图片显示基因ID，结果导出之后却缺失了标签。 （1）标签的显示由 决定，大家可以通过这个选项来选择结果图中是否显示标签。 （2）但有时候明明图片显示基因ID，结...

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  • rzx
  • 发布于 2021-10-29 16:30
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指纹图谱绘制

指纹图谱绘制

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  • 安生水
  • 发布于 2021-09-30 11:21
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network.r绘制网络图并输出最大子图节点及网络图

network.r绘制网络图，边权重信息决定网络中边的粗细，节点的度决定节点大小，根据节点类别填充节点颜色；提取网络的最大子图，输出构成最大子图的节点并绘制子图网络。

选感兴趣的基因，非编程自行绘制KEGG代谢通路注释图-简单易上手！

KEGG数据库应该是我们最常见的、使用频率最高的数据库之一了，它是一个整合了基因组、化学和系统功能信息的数据库。由日本京都大学生物信息学中心的Kanehisa实验室于1995年建立。是国际最常用的...

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  • 红橙子
  • 发布于 2020-06-10 22:23
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将进化树+基因结构+motif—1张图全显示

如何将进化树、基因结构以及motif结构在一张图上显示，而不是利用PS去拼图？

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  • babycare
  • 发布于 2020-05-25 14:55
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qRT-PCR差异分析及P值计算

qRT-PCR是一种相对表达定量的方法，他的计算方法有很多，常用的相对定量数据分析方法是KJ Livak（Applied Biosystems）等人在2001年提出的“比较Ct法相对定量”，即：利用ΔCt值差异来推算基因表达...

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  • 红橙子
  • 发布于 2019-07-08 10:12
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顺式作用元件分布图绘制

上一期给大家介绍了顺式作用元件的基础知识以及顺式作用元件的预测，没关注到的可以点击链接查看：顺式作用元件分析（基础知识及预测）；今天一起了解下顺式作用元件分布图如何绘制！ 上图展...

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  • 红橙子
  • 发布于 2019-06-01 14:16
  • 阅读 ( 10489 )

顺式作用元件基础知识及预测

概念： 顺式作用元件(cis-acting element)是存在于基因旁侧序列中，能影响基因表达的一段DNA序列，它们的作用是参与基因表达的调控；顺式作用元件本身不编码任何蛋白质，仅仅提供一个作用位点...

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  • 红橙子
  • 发布于 2019-06-01 14:09
  • 阅读 ( 14964 )

在线绘制聚类热图（heatmapper）

在线绘制聚类热图的方法，3分钟学会！

circos-基因组圈图绘制软件基础绘图

Circos基因组圈图绘制软件

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-12-21 13:24
  • 阅读 ( 16608 )

Cytoscape如何基于点的属性快速对点和相连的线进行颜色分类

在利用Cytoscape绘图的过程中如何对具有不同属性（分类）的点（以及与该点相连的线）进行颜色着色呢？ 譬如下图 显示了miRNA 和靶基因的相互作用，并基于靶基因的类型对网网络图进行了颜色处理...

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  • Daitoue
  • 发布于 2018-10-12 11:28
  • 阅读 ( 16360 )