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GATK报错| this implies a problem with the file locking support in your operating system

##### ERROR MESSAGE: Timeout of 30000 milliseconds was reached while trying to acquire a lock on file raw.vcf.tmp.idx. Since the GATK uses non-blocking lock acquisition calls that...

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  • rzx
  • 发布于 2023-07-03 10:10
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三代组装软件Flye安装及使用

三代组装软件Flye安装及使用

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  • 星莓
  • 发布于 2023-06-30 10:41
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R脚本报错|URL 'https://raw.githubusercontent.com/YinLiLin/R-CMplot/master/R/CMplot.r': Timeout of 60 seconds was reached

在运行R脚本的时候，出现报错，提示CMplot这个包连接超时。 Error in file(filename, "r", encoding = encoding) :  cannot open the connection to 'https://raw.githubusercontent.com/YinLi...

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  • rzx
  • 发布于 2023-06-29 13:37
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grep --color=auto使用用法介绍

grep是一个常用的文本搜索工具，用于在文件中查找文本字符串。grep--color=auto是grep的一个扩展选项，主要功能是匹配的特定字符串加上颜色以区分，并可以进行高亮显示。可以方便我们快速查找相...

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  • 安生水
  • 发布于 2023-06-26 14:49
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Seqtk | 一个快速处理FASTA和TASTQ文件的工具

Seqtk工具地址：https://github.com/lh3/seqtk Seqtk工具命令： 操作举例： 01. 将FASTQ格式文件转换成FASTA格式； seqtk seq -a in.fq.gz > out.fa 02. 将FASTQ（Illumina 1.3+）格式...

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  • rzx
  • 发布于 2023-06-26 14:20
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Rush：一款强大的Linux并行任务执行工具

Rush（Rapid Utilities SHell）是一款强大的并行任务执行工具，专门设计用于在Linux或Unix环境中进行批处理任务。该工具的设计初衷是为了使并行处理和任务管理变得更为简洁明了，同时具备灵活性...

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  • xun
  • 发布于 2023-06-20 14:15
  • 阅读 ( 1906 )

Linux环境下从百度网盘上传、下载数据

Linux环境下从百度网盘上传、下载数据 bypy upload -v

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  • rzx
  • 发布于 2023-06-19 15:45
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Orthofinder-构建物种系统发育树(Phylogenetic tree)

在前一篇文章里写了使用OthroFinder软件构建物种同源基因分析的工作原理的介绍，这次就利用Orthofinder结果中的数据来绘制物种系统发育树（Phylogenetic tree）。 在Orthofinder结果文件中有一...

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  • rzx
  • 发布于 2023-06-15 17:33
  • 阅读 ( 5464 )

外源插入流程报错运行不了

外源插入流程报错运行不了

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  • 安生水
  • 发布于 2023-06-15 16:53
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OthroFinder-物种同源基因分析工作原理

Orthofinder是做直系同源基因分析时常用软件，除此之外，还可以使用OrthoMCL，今天主要介绍Orthofinder软件的工作流程。 1. Orthofinder发表的工作流程如上图：     1.1 （a）将所有物种的...

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  • rzx
  • 发布于 2023-06-15 16:15
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提取 VCF 文件中的基因型信息

VCF 是一种常用的生物信息学文件格式，用于存储基因组中的遗传变异数据，特别是单核苷酸多态性（SNP）和小插入/缺失（Indel）等变异。 VCF 文件通常由文本格式组成，可以用文本编辑器进行查看...

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  • 星莓
  • 发布于 2023-06-15 15:59
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linux:将进程更改为切换到后台不退出

在linux中执行命令的时候，在程序命令行后加入&符，可以将命令放入后台执行且关闭shell不退出进程； 但如果一开始执行命令的时候没有加入&，后面发现命令执行时间很长，解决办法如下：...

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  • rzx
  • 发布于 2023-06-14 19:11
  • 阅读 ( 1485 )

Docker会限制线程数吗

再用hifiasm组装基因组时，线程数选择的100，但是后台只看见了10，这是怎么回事？docker会限制线程数吗？

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  • Mr Dong
  • 发布于 2023-06-14 11:14
  • 阅读 ( 1654 )

安装gdal报错

安装gdal报错

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  • 安生水
  • 发布于 2023-06-13 11:31
  • 阅读 ( 6936 )

ANNOVAR 基于gff中基因的位置简单注释

ANNOVAR 基于gff中基因的位置简单注释

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  • omicsgene
  • 发布于 2023-06-13 09:46
  • 阅读 ( 1137 )

ggplot 柱状图，y轴从0 开始，最高柱子 留有余地代码：

ggplot 柱状图，y轴从0 开始，最高柱子 留有余地代码：

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  • omicsgene
  • 发布于 2023-06-08 17:34
  • 阅读 ( 1519 )

NCBI的SRA Lite和SRA Normalized数据有什么区别

有时候我们从NCBI下载SRA文件时会发现，会有SRA Lite和SRA Normalized两种类型的数据，前者后缀是.sralite，其文件大小也比原始的SRA文件要小。这两种数据的区别是什么呢？

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  • 星莓
  • 发布于 2023-06-08 14:29
  • 阅读 ( 6460 )

R安装units包报错解决方法

R安装units包报错解决方法

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  • 安生水
  • 发布于 2023-06-08 14:25
  • 阅读 ( 2428 )

2023年秋季线下/直播培训火热报名中！

疫情已经结束，暌违已久的组学大讲堂线下培训回归了！这个暑期，组学大讲堂为大家准备了丰富多样的培训课程。

csvtk，A powerful software for handling CSV files

CSVTK，即CSV工具包，是一个用于处理逗号分隔值（CSV）文件的实用命令行程序。由于其简单性、灵活性和效率，对于经常处理CSV文件的人来说，特别是在数据科学、生物信息学以及任何需要数据分析的...

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  • xun
  • 发布于 2023-06-08 09:54
  • 阅读 ( 1247 )