安生水
使用DNA序列做主成分分析（PCA）——R语言adegenet包
提到主成分分析，一般我们都是使用Plink，GCTA等软件基于SNP数据来操作，那么如何用DNA序列做主成分分析呢？ 思路是先比对，之后使用R语言的adegenet包把比对的数据转换成snp数据，用到的函数是fasta2genlight()，再进行PCA分析及绘图。
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- 星莓
- 发布于 2022-10-31 11:33
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星莓
omicsgene
python操作大文件删除某行
删掉文件其中一行，非常简单，不过如果一个文件很大以至于无法读到内存里，又该怎么操作呢 其实我们可以使用 open() 方法把需要修改的文件打开为两个文件，然后逐行读入内存，找到需要删除的行...
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- xun
- 发布于 2022-10-24 16:10
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xun
Perl方法对文档全文进行字符串对应替换
举个例子：从数据库中下载基因组数据，基因组.gff文件中染色体ID较为复杂（第一列） 从全基因组序列.genome.fa文件中找到染色体ID对应简写 想将gff文档中染色体ID全部替换成第二列LC*命名...
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- rzx
- 发布于 2022-10-24 14:38
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rzx
sort 按照染色体排序后按位置坐标排序
经常会遇到对bed文件或其他相关数据的排序，记录一下如何先按照染色体号排序，然后按照坐标位置排序。 sort -k1,1 -k2n file1 > file2 排序完成后如下：
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- 星莓
- 发布于 2022-10-24 09:55
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r绘图0不在原点的问题
使用plot画图的时候，只是设定xy轴范围仍然在0之前会有一小段多出来的范围 例如：plot(runif(10,0,10),type="l",xlim=c(0,10),ylim=c(0,10)) 使用：xaxs/yaxs="i" 代码即可解决 例如：plot(r...
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- xun
- 发布于 2022-10-21 17:29
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生信阿姨
GeMoMa-1.9.jar 报错mbol: g_settings_backend_get_type
mbol: g_settings_backend_get_type
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- omicsgene
- 发布于 2022-10-19 15:19
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notepad++显示所有字符（隐藏的回车换行空格）转换CRLF
notepad++显示所有字符（隐藏的回车换行空格）转换CRLF
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- 生信阿姨
- 发布于 2022-10-19 09:42
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linux删除某用户下所有的进程命令
1. ps列出用户的pid，然后依次kill掉，比较繁琐 kill -9 `ps -uf username |awk '{ print $2 }'|grep -v PID` 或 ps -ef | grep username | awk '{ print $2 }' | xargs kill -9 2. pkill方...
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- 星莓
- 发布于 2022-10-14 10:21
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awk统计文件某列中某关键词出现次数
有时我们需要统计文件的某列中某些词出现的次数，可以在Linux下使用sort | uniq -c，那用awk怎么操作呢?
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- 星莓
- 发布于 2022-10-12 18:29
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进化树美化操作详解- iTOL
绘制进化树，是科研人的基础技能之一，而一张好看的进化树图，不仅能直观得展现基因或物种间的发育进化关系，更能增加文章的观赏性，赢得审稿人的青睐。今天给大家介绍的是一款非常实用且操作简...
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- rzx
- 发布于 2022-10-12 15:53
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AI保存PNG/PDF/JPG时“出现了未知错误”的解决办法
AI保存PNG/PDF/JPG时“出现了未知错误”的解决办法
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- 生信阿姨
- 发布于 2022-10-12 15:08
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关于CodeML分析中Branch-Site模型假设
branch-site models 类似于branch model和site model的合集，主要假设基因的不同位点间（site）和系统发育树的不同分支间（branch）的ω值均是变化的，目的是检验前景枝中正选择作用对部分位点的...
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- rzx
- 发布于 2022-10-10 17:12
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关于CodeML分析中四种常见模型假设
codeml是PAML软件包下的一个程序，在估算蛋白编码序列同义替换和非同义替换速率以及检测序列是否经受正选择分析中受到广泛应用。 对于一棵系统发育进化树，在考虑其不同序列间（site）和不同支...
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- rzx
- 发布于 2022-10-10 15:41
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linux将一个文件复制到多个文件夹
cp命令可以简单的将多个路径的文件复制到一个文件夹内，但反过来就会麻烦很多 不过和其他命令搭配也可以实现 echo 路径1 路径2|xargs -n 1 cp -v 需要复制的文件 当然，路径可以一直加，也可...
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- xun
- 发布于 2022-10-09 09:33
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