singularity运行fastqc报错OutOfMemoryError
比如在singularity中运行： singularity exec /share/singularity_images/reseq_v1.2.sif fastqc $datadir/*.gz -o $workdir/1.fastqc 可能报错： 可以加一个-t选项，多线程运行，如下图，...
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- 生信老顽童
- 发布于 2022-11-25 13:16
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生信老顽童
blastp 快速比对注释基因，输出注释信息
blastp -query unknown.pep.fa -db /share/work/database/blastdb/swissprot/uniprot_sprot.fasta -num_threads 10 -evalue 0.000001 -seg yes -soft_masking true -lcase_masking -max_hsps 1...
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- omicsgene
- 发布于 2022-11-21 16:35
- 阅读 ( 1344 )
omicsgene
生信阿姨
seqkit序列处理神器的常用命令
seqkit是一个序列处理神器，有统计、格式转换、长度筛选、质量值转换、翻译、反向互补、抽样、去重、滑窗、拆分等功能。 seqkit 一共有37个可用的命令，详细内容如下
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- 星莓
- 发布于 2022-11-18 17:22
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星莓
contig or scaffold GFF 文件通过AGP文件转换成 染色体 gff文件
contig GFF 文件通过AGP文件转换成 染色体 gff文件
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- omicsgene
- 发布于 2022-11-17 21:14
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组装好的基因组通过agp文件得到contig序列
https://github.com/tanghaibao/jcvi/issues/391
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- omicsgene
- 发布于 2022-11-17 20:33
- 阅读 ( 2305 )
eggNOG 注注释报near "WITHOUT": syntax error
eggnog-mapper 注释
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- omicsgene
- 发布于 2022-11-16 15:44
- 阅读 ( 1901 )
duplicate_gene_classifier统计全基因组不同类型复制事件的数目
duplicate_gene_classifier属于MCScanX的核心程序，用于基因分类，统计全基因组不同类型复制事件的数目。 命令行格式： $duplicate_gene_classifier Dl Dl是物种缩写，是Dl.blast文件。在运...
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- rzx
- 发布于 2022-11-16 14:00
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rzx
安生水
qiime2分类器的训练
训练分类器 Training classifier 因为不同实验的扩增区域不同，鉴定物种分类的精度不同，提前的训练可以让分类结果更准确。在本教程中，使用到的是已经训练好细菌V4区的分类器，可在QIIME2官网...
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- xun
- 发布于 2022-11-14 15:26
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xun
Linux安装细胞器组装软件--GetOrganelle
GetOrganelle软件是一款由郁文斌老师开发的一套全新的细胞器基因组组装工具，可以对大规模的细胞器基因组进行快速、准确及自动化组装。
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- 星莓
- 发布于 2022-11-14 11:18
- 阅读 ( 3357 )
docker 镜像 中plink 出现报错 segmentation fault
docker 镜像 中plink 出现报错 segmentation fault
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- omicsgene
- 发布于 2022-11-11 13:10
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Repeat masking in MAKER2 (difference with BRAKER2)
Repeat masking in MAKER2 (difference with BRAKER2)
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- omicsgene
- 发布于 2022-11-10 10:46
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sklearn中使用pipeline重复处理测试集
pipeline 实现了对全部步骤的流式化封装和管理，可以很方便地使参数集在新数据集上被重复使用。 可以用于下面几处： 模块化 Feature Transform 自动化 Grid Search 自动化 Ensemble Generat...
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- xun
- 发布于 2022-11-07 15:06
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