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WGCNA-MAD
我下了你的数据瞅了一眼，数据第一列不是entreZ ID，而是symbol，演示的时候第一列是ID 第二列是symbol，你先替换一下数据吧。 运行无误
回答于 2018-09-05 09:14
代码“sampleTree = hclust(dist(datExpr0), method = "average")...
1、dist()函数是计算距离矩阵的，并不是聚类，函数默认的参数计算的是欧式距离，具体见函数参数解释，查询代码: ?dist() 2、hclust()是聚类函数（层次聚类函数），method是聚类算法，可参考：https://www.omicsclass.com/article/218 此处的概念是基于欧式距离 进行的平均层次聚类。 关于聚类算法的更多概念需要去越多...
回答于 2018-09-04 11:04
WGCNA分析，最多能划分几个模块？若一直beta值未达到0.8，怎么办...
对应模块数量没有明确限制，不过在运行程序时都会设定模块种最少基因的数量。理论上模块内基因过多或者过少都是不合理的。beta 0.8是设定达成无尺度网络的阈值，0.8以上只是结果更好，放低阈值结果也能划分模块，只是结果往往没有0.8的合理和理想而已
回答于 2018-09-03 09:55
WGCNA分析需不需要进行log转换？
本人尝试过进行转换计算，但是对结果的影响并不大，整个模块之间并没有发生明显变化，故可以直接基于fpkm进行，另官方说法是标准化之后的表达量做为输入，FPKM已经是进行标准化的结果，理论上不需要做转换。
回答于 2018-09-03 09:50
GEO下载报错
1、运行并未报错，是warning。 2、我根据你的GSE、GPL进行了下载，没有任何问题。 3、你需要查看下载之后的几个结果是否正常即可：exprSet、pData、fData，查看网站提供的GPL，格式并不规范，故在解析注释文件的时候可能存在问题，所以其中最可能会有问题的是fData。不过我的运行结果没有任何问题，能够正常提取entrez ID...
回答于 2018-09-03 09:41
你好，我需要这个特征向量关联图的这部分代码，视频中没有。
您好，组学大讲堂 WGCNA课程中并不涉及这一部分的内容和代码，您是不是从其他地方学习的？ 原网站提供代码参考如下：https://horvath.genetics.ucla.edu/html/CoexpressionNetwork/Rpackages/WGCNA/Tutorials/ 下 Analysis of simulated data部分的代码 绘图函数为 plotMEpairs() 具体绘图等用法可以参考：https://ww...
回答于 2018-08-30 16:41
关于注释文件染色体位置信息
拟南芥的组装信息已经很完整了，对应的注释信息文件肯定有染色体层面的，但不一定能找到长度信息，不过不清楚你是不是下载了正确的文件 此外 获取染色体长度信息，除了gff文件，你可以下载拟南芥基因组fasta（染色体层面的）之后借助samtools fadix建立索引，从fai文件中获取
回答于 2018-08-24 11:02