22小时前 回答问题

foxtail_millet.GRASgene.list，如果只能提供部分SV的结果，用你鉴定到的家族成员的基因

6天前 回答问题

把你的shell脚本截图看一下

6天前 回答问题

你为什么要替换你的库文件的内容呢，你直接用库文件做注释就行了，脚本里这里也没有让你修改ID：

2025-04-15 10:54 回答问题

出现上面的warning可能是序列的相似度太高，如果能排除是测序和注释的错误的话，就继续做就可以了，至于构树的时候你用多少基因去构树，树上就会有多少个基因，树上面展示哪些基因取决于你想说明的生物学问题

2025-04-15 09:55 回答问题

你有多少个样本啊，我在课程里面说了要把这个地方改成你对应的样本数+1，你是不是没改，你改一下： awk -F"\t" '{if($0!~/^Fam_N/){for(i=2;i<=你的样本数+1;i++){print $1"\t"$i}}}' PAV_gene.list |sed "s/;$//"|awk -F"\t" '{gsub(";","\n"$1"\t",$0);print}'|awk -F"\t" '{if($2!=""){print}}' > Fam_gene.list

2025-04-14 09:51 回答问题

你看一下你的表型数据里面有没有奇怪的数据，第二例表达量应该都是数值型数据，检查一下有没有混进去奇怪的字符

2025-04-08 17:48 回答问题

你家族基因列表里面的后缀呢？你按照流程跑的吗？是的话应该是有的呀

2025-04-07 13:33 回答问题

同学，其实前面已经给你说过解决办法了，最好的办法就是你重新跑流程，不要乱改你的基因id，你改了之后我们也很难改流程去对你的数据进行调试，你可以把构建泛基因列表的代码这里改一下，然后回到你修改id之前重新跑一下： # 把第二列的前缀去掉 awk -F'\t' 'BEGIN{OFS="\t"} { if (match($2, /_/)) {$2 = substr($2, RSTART+1)};print}' last.gene.pair.txt|\ sed "s/ /\t/g" | sed "

2025-04-03 09:44 回答问题

所以你在未做任何处理之前，你的gff文件里面基因ID的格式就是基因组名+基因id这样的是吗，我举个例子，比如说你的原始gff文件里面，你的基因编号就是C01_00G00000006对吗 还有你提到的这一点“之前是C01_C1_00G00000001，在做存在缺失时，我都把他们改了，我现在该怎么办啊”你不能随意的改动你原始的基因id，不然后面就会出现对不上的情况，你需要改回来

2025-04-02 14:26 发表了文章