50 个回答
0 赞同
0 赞同
泛基因，SV ，VCF文件格式为4.2 ，没有课程里要求的SUPP_VEC和SV...
课程里面的SV结果是分样本做SV calling后，使用merge合并的结果，你的这个格式确实与课程里的不一样，需要写代码手动提取一下有用的信息
回答于 2024-12-12 16:05
0 赞同
sed -i 'ls/Marker/chr\tpos/' glm_pvale.txt sed: -e 表...
sed -i 's/Marker/chr\tpos/' glm_pvale.txt ，s前面没有l
回答于 2024-12-12 13:57
0 赞同
0 赞同
泛基因家族分析-数据准备
你可以看看泛基因家族分析课程的数据准备部分，如果只是跟着流程做分析的话，基因组部分只需要准备10个物种的基因组文件（fasta格式）和gff文件就可以
回答于 2024-12-03 13:31
0 赞同
老师您好，做GWAS分析使用GLM模型时，p值为什么都是-0啊？
同学你其他的模型跑出来结果也是这样还是只有GLM模型是这样的，另外你用多少个样本去做的分析？
回答于 2024-12-03 11:44
0 赞同
0 赞同
genome
因为你没有给我们提供文件的信息，无法具体进行判断，只能通过文件名字推断“Capra_hircus.ARS1.113.chr.gff3.gz”可能是是包含染色体水平的基因组的注释信息文件，具体选择哪个还要看你自己的分析需求
回答于 2024-11-29 11:03
0 赞同
0 赞同
老师，就是我把重测序个体分为三组进行SNP扫描，然后把三次扫描...
GATK做vcf合并的模块应该是CombineVariants吧，具体你可以看一下这篇文章：https://www.omicsclass.com/article/1732，里面有写如何做多个vcf的合并
回答于 2024-11-28 09:33