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请问泛基因家族分析实操课程中老师用到的泛基因列表为什么和课程...
课程中用到的结构变异分析结果以及基因表达量数据表格，这个在我们示例数据的文章里面写了，可能需要你查阅一下相关的文献，看看有没有数据提供，你可以参考一下我们的梳理数据文章里面的材料方法：https://doi.org/10.1101/2021.01.14.426684
回答于 2025-01-23 18:02
xpclr绘图
同学你应该是没有指定你的fai文件，你执行以下这条指令： echo $FAI 如果没有输出的话，执行下面的指令指定一下FAI文件： FAI=你的fai文件.fai
回答于 2025-01-15 09:24
PAV分析
下次提问的时候可以贴一下你执行的指令， perl $scriptsdir/PAV_list.pl -pangenel maize.WRKYgene.pan-genes.list -spid new_id2.txt -unigenel t -fam WRKY 你要注意，这个 t 文件应该是空的，这样你重新生成的PAV_draw.list里面才不会有物种独有的基因，还有一种原因，是你原来的泛基因列表文件中就有这样的情况，即一...
回答于 2025-01-10 09:34
老师，我想知道我在用你们演示的玉米数据提取cds和pep的脚本为什...
你第一条指令的permission denied ，你自己安装的软件，你的perl脚本有执行权限吗？你可以chmod +x 脚本.pl ，先给脚本执行的权限之后，跑一下看看 后面第二个报错是因为你指令给的不正确，--seqtype prot 才对，你看你自己的截图：
回答于 2025-01-09 11:01
并行运行
可以把指令都写在一个shell脚本里，然后通过并行处理工具ParaFly执行任务： ParaFly -c w.sh -CPU 5 #一次运行5条指令
回答于 2025-01-06 16:49
泛基因，SV ，VCF文件格式为4.2 ，没有课程里要求的SUPP_VEC和SV...
课程里面的SV结果是分样本做SV calling后，使用merge合并的结果，你的这个格式确实与课程里的不一样，需要写代码手动提取一下有用的信息
回答于 2024-12-12 16:05
sed -i 'ls/Marker/chr\tpos/' glm_pvale.txt sed: -e 表...
sed -i 's/Marker/chr\tpos/' glm_pvale.txt ，s前面没有l
回答于 2024-12-12 13:57