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38 个回答

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gwas分析报错

内存不够,你看报错信息“out of memory”

回答于 2024-11-07 15:56

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AWK整理泛基因集文件出现部分问题

同学你这个,直接awk -F"\t" '{print $1"\t"$2"_"$3}' 13Pan-genes.list > apple13.pan-genes.list 就可以,因为你这个基因名字中间有"_",所以会被拆成两个字段,要是不理解的话可以再看看awk的使用

回答于 2024-11-06 15:08

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老师,请问selective sweep analysis如何分析

同学,选择清除分析是我们遗传进化的课程内容,目前的话我们有多种方法去做,有基于多样性的(FST和π),有基于位点频谱变化的(xpclr和tajimaD),你可以去了解一下相关的分析工具,因为这个分析比较复杂,如果有学习的需求的话可以买我们课程学习的。

回答于 2024-11-01 10:20

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基因结构变异和表达量的分析

同学你这个每一个样本的一个基因有4个表达量,是做了4组重复吗,可以先求一个blup值再用来分析

回答于 2024-10-30 11:57

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购买服务后,原课程账号需要下载什么文件,转移到新买的服务器账...

同学你买的是录播课吗,那你直接把你当前下载的资料挪过去就行,就是demo data shell script,数据资料是可以联系客服获取的:点击联系客服

回答于 2024-10-29 09:32

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07.SV_and_gene_expression中删除一些不需要的基因的表达量后文...

同学,你看一下你表达量文件的基因id和你的PAV_gene.list对不上呀,你要统一一下,要和示例数据保持一致

回答于 2024-10-28 17:43

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03.PAV 提取物种独有的家族基因时,出现killed ,不能进行代码操...

同学,我们给每个学员分配的内存是有限的,出现这种情况应该是你的内存占用达到了上限,我们不建议你使用我们提供的练习服务器运行大内存任务,如果有这种比较大的数据要做分析的话可以看一下这:windows 中的docker如何设置容器的内存与计算资源 hyper-V - 组学大讲堂问答社区 (omicsclass.com)

回答于 2024-10-28 09:28

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PAV基因列表中的基因1和基因2出现重复

同学,你这个估计是在泛基因列表的时候就重复了吧,你看一下泛基因列表里面是不是这个基因的同源关系不是唯一的

回答于 2024-10-09 11:36

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下面这张图A的信息是怎么提取的呢

你可以看一下这篇的回答:https://www.omicsclass.com/question/7238 通过结构变异文件你能够找到结构变异的位置信息

回答于 2024-09-25 17:27

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结构变异注释结果文件为空

同学你给我看看你的输入文件,就是那个all_merge.input

回答于 2024-09-24 17:37