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老师，我正在做泛基因家族分析的系统发育树构建，构树过程中，出...
出现上面的warning可能是序列的相似度太高，如果能排除是测序和注释的错误的话，就继续做就可以了，至于构树的时候你用多少基因去构树，树上就会有多少个基因，树上面展示哪些基因取决于你想说明的生物学问题
回答于 3天前
老师我做存在缺失分析部分，Fam_gene.list中泛基因编号为什么不...
你有多少个样本啊，我在课程里面说了要把这个地方改成你对应的样本数+1，你是不是没改，你改一下： awk -F"\t" '{if($0!~/^Fam_N/){for(i=2;i<=你的样本数+1;i++){print $1"\t"$i}}}' PAV_gene.list |sed "s/;$//"|awk -F"\t" '{gsub(";","\n"$1"\t",$0);print}'|awk -F"\t" '{if($2!=""){print}}' > Fam_gene.list
回答于 3天前
老师，用GLM模型跑Gwas时将数据替换成自己的后，出现了报错,分别...
你看一下你的表型数据里面有没有奇怪的数据，第二例应该都是数值型数据，检查一下有没有混进去奇怪的字符 ，还有就是你的性状名称中不要有空格，你可以用下划线连接
回答于 4天前
老师，以下是我的基因家族列表，基因组ID文件，基因家族泛基因列...
你家族基因列表里面的后缀呢？你按照流程跑的吗？是的话应该是有的呀，是在这里加的： 也就是说你加上之后，你后续的分析，你的基因id后面是应该有物种名作为后缀的，你再检查一下是不是哪里没有跑
回答于 2025-04-08 17:48
老师，我在做泛基因家族成员存在缺失分析时，做统计各个样本家族...
同学，其实前面已经给你说过解决办法了，最好的办法就是你重新跑流程，不要乱改你的基因id，你改了之后我们也很难改流程去对你的数据进行调试，你可以把构建泛基因列表的代码这里改一下，然后回到你修改id之前重新跑一下，总之不要改动你原始的基因id，不然后面对应起来就是很麻烦，你按照流程跑： # 把第二列的前缀去掉 a...
回答于 2025-04-07 13:33
老师您好，我在做泛基因家族分析中存在缺失分析得到的基因家族泛...
所以你在未做任何处理之前，你的gff文件里面基因ID的格式就是基因组名+基因id这样的是吗，我举个例子，比如说你的原始gff文件里面，你的基因编号就是C01_00G00000006对吗，要是你描述的这种情况，你需要把这条指令改成这样：awk 'FNR>1{print $1"\t"$3"_"$2"_"$3}' final.last.gene.pair.txt > yourfile.pan-genes.li...
回答于 2025-04-03 09:44
老师您好，我正在做泛基因家族分析中，家族成员存在缺失分析，需...
awk 'FNR>1{print $1"\t"$2"_"$3}' 26Pan-genes.list > 26mazi.pan-genes.list
回答于 2025-04-01 16:01
泛基因集构建中JCVI做共线性分析构建完一半数据报错
last报错应该是因为内存不足：https://www.omicsclass.com/article/1413
回答于 2025-03-31 14:10