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老师您好，针对这个问题https://www.omicsclass.com/question/77...
“发现P-Value的原始文件有NaN的情况”，应该是你有些SNP位点缺失率过高之类的情况，大概是你前期的数据过滤不是很严格，你画图的时候直接删掉这样的数据就可以 关于你提出的曼哈顿图上面的点显示不全的问题，你可以对脚本进行如下的修改： scale_y_continuous(expand = c(0,0.05) 即把脚本中的y轴坐标轴上限增加5％
回答于 2025-03-19 16:32
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在进行GWAS的LDBlock可视化中，在Win11本地的Docker执行LDBlockS...
我们脚本里没有使用过这个参数PointSize，而且你调用一下软件的使用帮助也没有相关参数说明：
回答于 2025-03-13 18:24
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GWAS分析发现的问题如下：第一，过滤水稻vcf的RawData时（群体有...
如果你用这个参数（minGQ）过滤之后过滤掉很多位点的话，可以酌情考虑不过滤，还是以你的参考文章为主；BLUP脚本和物种没有关系，是多年多点数据的话可以使用；如果你的位点缺失率比较高的话，可以用beagle做一下填充；GWAS课程相关内容请咨询客服
回答于 2025-03-13 18:19
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我在win11本地GWAS分析时，进行plink。结果报错了（Segmentation...
你这个plink是1.9吗，你可以用2.0版本的plink试试，再就是你的内存不够
回答于 2025-03-13 18:00
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采用你们课程的：Rscript $scriptdir/gwas_manhattan_plot.r 以...
这个改起来比较麻烦，针对你的数据改图属于个性化分析内容，如有需要请：联系客服
回答于 2025-03-13 17:56
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在筛选GWAS关联区域内的基因时（LDBlock），基因或者SNP与选定的...
10%是为了捕获的基因多一些，这个参数没有一个固定的标准，视你自己的实际分析情况和你参考的文章为准
回答于 2025-03-13 17:46
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老师，二代测序数据可以GWAS分析嘛？植物上做GWAS的话测序深度5X...
二代测序数据可以做GWAS分析，5x有点低了，但是可以根据深度相应的调整分析参数和过滤标准
回答于 2025-03-12 17:07
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