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老师，构建泛基因列表使用的vcf文件，是下面图中的sv数据吗，下...
你可以看一下咱们课程中的示例数据，有讲文件中包含重要信息的列都是什么，你可以根据示例数据进行整理，vcf不是一种文件类型，你可以理解为存储基因组变异信息的一种格式，咱们课程里的是比较规范的，基因组之间进行比对call SV的vcf结果文件格式。
回答于 2025-02-28 11:32
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如何下载别人的重测序数据
一般作者都会把文章中可以公开的数据上传到公共数据库，可以根据项目编号去对应的数据库中下载，可以参考一下这篇文章：NCBI、ENA高通量测序数据下载-fastq数据
回答于 2025-02-27 09:28
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IBD 计算2
同学，你下次问问题的时候不要重新开贴，直接在原文下面回答就可以，不然我们没法对应到你问题的上下文，还得去翻你的提问记录，这样很没有效率，你可以看一下提问的规范：提问规范，另外你说的报错如果还是你之前提到的no such file的问题，已经给你回答过了，是你没有正确读入变量名，你检查一下，你看下前面是不是有一条...
回答于 2025-02-24 10:04
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ka/ks分析，有的基因没有axt文件
你检查一下pairid文件里面的基因对有没有正常生成，如果只有一个基因是成不了对的，还有检查一下你的pep和cds文件，是不是正常的，如果你的基因序列没有提取成功，后面做分析的时候也会有问题
回答于 2025-02-19 11:26
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[main] unrecognized preset 'china-wild-ibex-clean.recode.vcf...
你参数用的不对吧： tabix -p vcf vcf.gz
回答于 2025-02-19 11:15
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ka/ks分析，拆分泛基因列表，缺少一个基因，泛基因列表有38个，...
不应该会有这种情况，如果你的PAV_gene.list文件里面有的话就会被拆出来的，你检查一下文件每一行是否都有换行符，我记得你上次的问题就是因为最后一行没有换行符？另外就是检查一下列与列之间是否是tab分割的。
回答于 2025-02-18 17:09