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109 个回答

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老师,进行结构变异分析时得到了tsv数据,请问需要转变为vcf文件...

tsv和vcf不是两种特殊的文件类型,重点在于如果你要做后续的分析的话需要把文件整理成参考数据的格式,你这个是单一样本的结构变异结果吗,那你需要用SURVIVOR工具去做一个合并,把样本间相同的结构变异merge到一块,方便后续信息提取。

回答于 2025-02-18 09:41

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泛基因家族成员选择压力分析中,构建的热图,很奇怪,我需要如何...

下次可以描述问题清晰一些,你说的怪如果是觉得图例的比例太大的话,可以把格子调大一些,间接的缩小图例: cellwidth=8, cellheight=8,

回答于 2025-02-17 18:07

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请问,在3个数据库中进行结构域确认时,为什么我出不来和老师一...

你这个创建容器的时候报错了,报错内容来看是有些文件丢失了,你重新load一下?另外你不用手动的修改fa文件的内容,根据流程跑就可以

回答于 2025-02-17 16:16

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修改样本名称

bcftools应该是要求输入的文件是bgzip压缩格式或者是非压缩格式: 你的输入文件应该是gzip压缩的?你可以解压vcf之后跑一下看看

回答于 2025-02-11 14:53

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#提取cds 用基因的id,作为序列的id;;1.这条指令如何修改,我...

同学你对这条指令的理解有误,如果你前面没有错误的话,当前的cds和pep文件的序列名称应该是每一条基因最长转录本的转录本id,这条指令的运行是为了把转录本id替换成对应的基因id,如果有问题,建议检查前面的指令是否运行有误

回答于 2025-02-11 10:46

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老师,为什么cds和pep提取不出来?提取出来是0

同学,提问的时候需要提供你的代码,数据的截图,还有报错信息,你这样没有任何的信息提供老师无法回答,具体参见提问规范:https://www.omicsclass.com/article/82 另外,同一个问题不用开多个帖子问的哈,尽量能让提问者和解答问题的老师都看到上下文

回答于 2025-02-11 10:38

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如何确保.fa和gff3文件的染色体编号一致?手动修改吗;以下是两...

你前面不是有报错信息吗,你就看一下你报错的基因编号是不是在两个文件中都有

回答于 2025-02-10 15:19

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老师,保留最长转录本之后,提取cds和pep,过程出现这个界面,请...

你要确保你的fa文件里面的染色体编号和你的gff文件里是一致的

回答于 2025-02-10 14:50

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老师,这个done之后不动了,开始运行了吗?如何判断呢?

是的,在运行,同学建议你先学习一下linux基础,你的有些问题看一下课程就懂了

回答于 2025-02-10 14:49

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老师,在putty中如何操作;既可以做自己的数据,又不用删掉示例...

内存是你运行的时候占用的计算资源,和存储不是一个意思,你可以先传上去跑一下看看,如果存储和计算资源不够的话可以考虑一下我们的独享服务器:云服务器购买指南

回答于 2025-02-08 17:00