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单倍型报错
同学，你执行R脚本的时候-c 参数应该给的是分析的染色体编号，我看你给的这个染色体编号怎么好像和gff文件里对不上，你再检查一下看看是不是，另外再提醒你一下，这个-s 和-e的参数是你要分析的所有snp位点的最开始那个snp和最后一个snp位点的位置（如果是基因的话就是基因在染色体上的起始和终止位置），不要填错了哈
回答于 2024-07-05 09:43
运行时没有报错，pairid也是和demo里的内容一样，我没上直播，但...
同学，你跟我说的是没有报错信息的，但是你这个是报错了的哈，你看一下你这条命令是exit的状态，他提示你有一个基因的序列是不存在的，你看到了吗，你看一下你前面B97的基因组是不是不完整的，没下载完或者是没处理完： 另外提问的时候注意提问技巧，可以看一下这个帖子：https://www.omicsclass.com/article/82
回答于 2024-06-27 11:37
泛基因家族ka/ks分析，生成 .axt文件时报错，查看直播回放发现老...
这就有点奇怪了，由于同学你提出了这个问题，我重新跑了一下流程里ParaAT比对的这一步，就是你贴出来的这条指令： 是能够跑出来有结果的axt文件的，这是运行中会产生的一些日志内容，你的运行过程也是这样的吗： 结果axt： 所以现在我也不是很清楚为什么你会出现这种跑出来空的结果文件的问题，空的结果会不会是没跑...
回答于 2024-06-27 10:33
这条命令报错cat ../id.txt|while read ind;do cut -d" " -f1 ./...
同学，现在你的目录底下有check文件夹吗，首先这个报错是提示你在check文件夹中找不到相关的fa文件和fas文件，你可以看看是不是前一步没有正确操作导致的
回答于 2024-06-25 14:05
老师，提取出来的结构域是下图那样，这条命令应该怎么改：#选择...
sed -i "s/_[0-9]*-[0-9]*:\./_${ind}/g" ${ind}.UGT_domain1_final.fa 同学你可以尝试一下，另外你可以学习一下Linux的一些指令使用，因为你类似的问题出现很多次，可能是对于一些Linux基础文本处理工具不太熟悉，可以多尝试学习一下哈
回答于 2024-05-16 11:45
获取基因的泛基因编号只提取到一个基因
您好，泛基因家族分析是基于泛基因组的结果进行的，您图中的pan-gene.list文件是泛基因组的分析结果，详见《De novo assembly, annotation, and comparative analysis of 26 diverse maize genomes》中提供的泛基因结果材料，至于说的只提取到了一个基因这个情况，如果您是完全用我们的示例数据去跑的话不会有这个问题，建...
回答于 2024-05-08 14:36
motif绘图时，tbtools图上显示的motif跟meme.txt文件的不一致
您好，关于这个问题你可以看一下是不是有些距离相近的motif被合并在一块了，有时候tbtools绘图会有这种情况出现，另外在网页打开html文件的时候要勾选all sequence，和tbtools绘图的结果是一致的。
回答于 2024-04-24 16:53
jcvi微共线区域(Microsynteny)可视化
你好，这个染色体在画布上的摆放位置是layout布局文件指定的，您想让这两条染色体在同一条水平线上出现只需要指定相同的纵坐标即可。当然也推荐您看一下我们的课程，便于您更好的了解和使用这个功能丰富的软件：https://bdtcd.xetslk.com/s/24yiRs
回答于 2024-03-04 11:53