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PAV分析
下次提问的时候可以贴一下你执行的指令， perl $scriptsdir/PAV_list.pl -pangenel maize.WRKYgene.pan-genes.list -spid new_id2.txt -unigenel t -fam WRKY 你要注意，这个 t 文件应该是空的，这样你重新生成的PAV_draw.list里面才不会有物种独有的基因，还有一种原因，是你原来的泛基因列表文件中就有这样的情况，即一...
回答于 2025-01-10 09:34
老师，我想知道我在用你们演示的玉米数据提取cds和pep的脚本为什...
你第一条指令的permission denied ，你自己安装的软件，你的perl脚本有执行权限吗？你可以chmod +x 脚本.pl ，先给脚本执行的权限之后，跑一下看看 后面第二个报错是因为你指令给的不正确，--seqtype prot 才对，你看你自己的截图：
回答于 2025-01-09 11:01
并行运行
可以把指令都写在一个shell脚本里，然后通过并行处理工具ParaFly执行任务： ParaFly -c w.sh -CPU 5 #一次运行5条指令
回答于 2025-01-06 16:49
泛基因，SV ，VCF文件格式为4.2 ，没有课程里要求的SUPP_VEC和SV...
课程里面的SV结果是分样本做SV calling后，使用merge合并的结果，你的这个格式确实与课程里的不一样，需要写代码手动提取一下有用的信息
回答于 2024-12-12 16:05
sed -i 'ls/Marker/chr\tpos/' glm_pvale.txt sed: -e 表...
sed -i 's/Marker/chr\tpos/' glm_pvale.txt ，s前面没有l
回答于 2024-12-12 13:57
泛基因家族分析-数据准备
你可以看看泛基因家族分析课程的数据准备部分，如果只是跟着流程做分析的话，基因组部分只需要准备10个物种的基因组文件（fasta格式）和gff文件就可以
回答于 2024-12-03 13:31
老师您好，做GWAS分析使用GLM模型时，p值为什么都是-0啊？
同学你其他的模型跑出来结果也是这样还是只有GLM模型是这样的，另外你用多少个样本去做的分析？
回答于 2024-12-03 11:44