2024-11-01 16:34 回答问题

看一下比对的日志文件里面有没有报错说”将氨基酸序列（pep）转换为核酸序列（nuc）时发现了不一致性“，如果有的话，你找到对应基因ID的cds和蛋白序列检查他们之间是不是3倍关系。如果数量不多，可以把这样的基因对删除。 需要paraAT比对的log文件报错信息进一步确认。

2024-10-29 15:31 回答问题

看一下这个文件里面有什么：err_seqcl_genome.repeat.fa.log

2024-10-28 15:12 发表了文章

2024-10-22 13:55 发表了文章

2024-09-30 13:50 发表了文章

2024-09-27 16:38 回答问题

换成这个指令，先生成sam再排序：hisat2 --dta --new-summary -p $threads -x $contig -1 $fq1 -2 $fq2  > rnaseq.sam 2>hisat2.log  && samtools sort -@ 10 rnaseq.sam > rnaseq.bam 

2024-09-27 15:51 回答问题

利用R包RIdeogram可以做

2024-09-19 17:52 回答问题

MCscanX没有结果的话正常是无法用circos绘图，你可以尝试用blast的结果整理成circos所需的共线性文本格式

2024-09-14 16:32 回答问题

没排序，先做一下vcf的排序

2024-09-13 11:05 回答问题

为了维持统计表格的一致性，还是建议再跑一次RepeatMasker。也可以手动统计，如果你有足够的linux基础，可以手动统计每个MITE类型的序列数目、序列总长度、在基因组的占比等，再手动写到表格里。但是你的gff也需要重新整理MITE信息。 可以参考后面一步RepeatMasker汇总重复信息再跑一次信息统计，命令如下： RepeatMasker -e rmblast -gff -xsmall -html -norna   -source  -no_is -pa 线程数 -s -lib 所有重复序列