13小时前 回答问题

根据你上传的附件，最后停在了AUGUSTUS优化这一步 检查一下软件和环境和自身的权限，建议使用我们的容器。

2天前 回答问题

easySFS.py是easySFS这个软件里的： https://github.com/isaacovercast/easySFS

2025-03-17 17:40 发表了文章

2025-03-07 11:31 回答问题

矩阵整理可做可不做，后面有单独的PAV分析

2025-03-07 09:08 回答问题

是的，经过python处理之后的结果确实只有两列。你可以不做python3 $script/find_1vs1_v2.py last.txt 1vs1.txt，直接把现在的last.txt作为1vs1.txt继续往下走就可以了。 如果想要执行python3 $script/find_1vs1_v2.py last.txt 1vs1.txt需要多几步的linux操作，不是很有必要。

2025-03-06 09:54 回答问题

不需要执行这么复杂的操作，“cat ../01.jcvi/pangene_filter.*.last | grep -v "^#" > last.txt”，这一步是为了合并所有的比对文件并且删除掉"#"开头得行，主要是为了下一步去执行python的脚本。那你不合并，直接从原来的last文件里面删除 "#"开头的行，然后执行python的脚本就可以了。 for i in `find ../01.jcvi -name "pangene_filter.*.last"`;do     name=`basen

2025-03-04 17:52 回答问题

图没有贴出来，也没看到分析流程总结。大小不均匀可以看一下近缘物种是否存在这个现象。超级染色体内部Hi-C信号都很强吗？可以根据3D-DNA的juice box进行手动的切割划分试试

2025-03-03 15:13 发表了文章

2025-02-27 18:19 回答问题

从头注释里面用到了哪些软件？可以尝试增加从头注释的软件数目。同源注释用GeMoMa，多参考一些物种。

2025-02-24 16:07 发表了文章