18小时前 发表了文章

1天前 回答问题

k=24的设置是没有问题的，如果你的contig比较少不太碎，他自动的信号识别可能会出错，这个时候考虑在juicebox手动划分吧

2天前 回答问题

braker的结果就是这个格式

2025-04-14 14:22 回答问题

verkko组装结果里没有这个，需要你自己用HiC数据比对到基因组上，然后生成.hic和.assembly文件

2025-04-14 14:05 回答问题

polish用的是什么软件呢？只使用了三代数据进行抛光吗？抛光完成之后和参考基因组或者和之前的组装做比对的话，共线性差异大吗？基因组减小了多少呢？可以采用racon对7个gap的组装重新做一下抛光。

2025-04-03 14:46 回答问题

根据你上传的附件，最后停在了AUGUSTUS优化这一步 检查一下软件和环境和自身的权限，建议使用我们的容器。

2025-04-01 10:45 回答问题

easySFS.py是easySFS这个软件里的： https://github.com/isaacovercast/easySFS

2025-03-17 17:40 发表了文章

2025-03-07 11:31 回答问题

矩阵整理可做可不做，后面有单独的PAV分析

2025-03-07 09:08 回答问题

是的，经过python处理之后的结果确实只有两列。你可以不做python3 $script/find_1vs1_v2.py last.txt 1vs1.txt，直接把现在的last.txt作为1vs1.txt继续往下走就可以了。 如果想要执行python3 $script/find_1vs1_v2.py last.txt 1vs1.txt需要多几步的linux操作，不是很有必要。