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比较基因组学03.Phylo_Tree/aln_out
看一下比对的日志文件里面有没有报错说”将氨基酸序列（pep）转换为核酸序列（nuc）时发现了不一致性“，如果有的话，你找到对应基因ID的cds和蛋白序列检查他们之间是不是3倍关系。如果数量不多，可以把这样的基因对删除。 需要paraAT比对的log文件报错信息进一步确认。
回答于 2024-11-01 16:34
代码报错
换成这个指令，先生成sam再排序：hisat2 --dta --new-summary -p $threads -x $contig -1 $fq1 -2 $fq2 > rnaseq.sam 2>hisat2.log && samtools sort -@ 10 rnaseq.sam > rnaseq.bam
回答于 2024-09-27 16:38
MCScanX没有结果怎么用circos作图
MCscanX没有结果的话正常是无法用circos绘图，你可以尝试用blast的结果整理成circos所需的共线性文本格式
回答于 2024-09-19 17:52
能否不跑Repeatmasker 产生结果文件contig.fa.tbl
为了维持统计表格的一致性，还是建议再跑一次RepeatMasker。也可以手动统计，如果你有足够的linux基础，可以手动统计每个MITE类型的序列数目、序列总长度、在基因组的占比等，再手动写到表格里。但是你的gff也需要重新整理MITE信息。 可以参考后面一步RepeatMasker汇总重复信息再跑一次信息统计，命令如下： RepeatMasker...
回答于 2024-09-13 11:05
重复序列分析，去除含有基因序列的库文件时候报错，你们示例数据...
我们的示例数据输出文件里面该文件内容如下： 建议check一下你的*_blast_results.txt是否正常，如果为空 检查 ${SPROT} 变量是否赋值
回答于 2024-09-11 10:14
RepeatMasker输出没有.divsum文件
文件contig.fa.divsum是calcDivergenceFromAlign.pl生成的，不是repeatmasker的结果
回答于 2024-09-11 10:03