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关于填充gap后的polish
polish用的是什么软件呢？只使用了三代数据进行抛光吗？抛光完成之后和参考基因组或者和之前的组装做比对的话，共线性差异大吗？基因组减小了多少呢？可以采用racon对7个gap的组装重新做一下抛光。
回答于 4天前
老师，我在做dadi分析的时候，发现没有代码里显示的easySFS.py的...
easySFS.py是easySFS这个软件里的： https://github.com/isaacovercast/easySFS
回答于 2025-04-01 10:45
老师我在构建泛基因列表，合成last.txt文件，结果只有两列
是的，经过python处理之后的结果确实只有两列。你可以不做python3 $script/find_1vs1_v2.py last.txt 1vs1.txt，直接把现在的last.txt作为1vs1.txt继续往下走就可以了。 如果想要执行python3 $script/find_1vs1_v2.py last.txt 1vs1.txt需要多几步的linux操作，不是很有必要。
回答于 2025-03-07 09:08
老师我在做泛基因家族分析里面的泛基因列表构建，生成last.txt文...
不需要执行这么复杂的操作，“cat ../01.jcvi/pangene_filter.*.last | grep -v "^#" > last.txt”，这一步是为了合并所有的比对文件并且删除掉"#"开头得行，主要是为了下一步去执行python的脚本。那你不合并，直接从原来的last文件里面删除 "#"开头的行，然后执行python的脚本就可以了。 for i in `find ../01.jcvi -nam...
回答于 2025-03-06 09:54
参考咱们的T2T组装课程 进行基因组组装后，染色体出现了一个超级...
图没有贴出来，也没看到分析流程总结。大小不均匀可以看一下近缘物种是否存在这个现象。超级染色体内部Hi-C信号都很强吗？可以根据3D-DNA的juice box进行手动的切割划分试试
回答于 2025-03-04 17:52
比较基因组构建进化树，通过seqkit进行序列合并时内存爆满导致ki...
处理大文件时，Seqtk 可能会占用大量内存，导致系统资源不足或程序崩溃，根据具体需求，调整 Seqtk 的参数以减少内存使用。例如，使用 -C 参数折叠长行
回答于 2025-02-20 11:57