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LTR注释相关疑问
1.检查一下LTR_HARVEST_parallel、LTR_FINDER_parallel的结果是否完整 2.未能生成tbl文件，生成tbl需要调用RepeatMasker，确认你的环境里有这个软件
回答于 2024-09-09 17:20
Liftoff的Python脚本运行出错
检查一下你的chr.txt里面是不是有第一列为6的，第一列是ath.fa.gz（参考基因组）的染色体编号，ath.fa.gz里面没有名字叫做6的染色体。 或者你可以去掉 -chroms chr.txt再运行
回答于 2024-09-09 17:08
基因组注释数据库解压失败
在周老师给的链接里更新了md5文件，建议先md5检查一下数据完整性 看了一下报错，选择使用 tar xvf database.tar.gz 看看是否可行
回答于 2024-09-09 13:30
能使用mummer进行基因组组装的辅助挂载吗？如果可以，能分享一下...
ragtag是用mummer做的比对然后挂载的。可以使用ragtag的scaffold功能
回答于 2024-08-16 18:16
老师 就是Rhododendron_delavayi 和Rhododendron_irroratum这两...
这边报错显示你的gff3格式可能存在问题，少于8列，建议检查一下gff3
回答于 2024-08-14 14:32
老师 请问以下就是circos图中，染色体怎么设置才能使按照1到13...
1. 染色体顺序 需要检查一下circos绘图配置文件提供的karyotype文件，比如我这里就是Vitis_vinifera.karyotype.txt这个文件： 主要检查第三列和第四列，看看是否是自己想要的顺序 如果这里没问题但是顺序仍然不是自己想要的，可以在配置文件里强行指定顺序： chromosomes_order=1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,1...
回答于 2024-08-14 14:30
老师 就是在计较基因组学哪里 请问一下下面这些物种的这些物种...
如果打包下载的zip有问题，尝试在服务器使用FTP地址使用wget进行下载，具体下载指令如下： 下载基因组： wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCF/004/153/795/GCF_004153795.1_AHAU_CSS_1/GCF_004153795.1_AHAU_CSS_1_genomic.fna.gz -O Camellia_sinensis.fa.gz 下载gff：wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.go...
回答于 2024-08-12 11:02
基因组去冗余的选择
在BUSCO没有太大改变的情况下（即完整性没有太大差异），建议选择连续性更好的组装进行后续的分析，也可以继续通过merqury做一下QV打分，看看是否有差异（组装和测序数据的QV高一些更好）。关于这两个软件的选择，有文章《Identifying and removing haplotypic duplication in primary genome assemblies》进行了比较，文中...
回答于 2024-06-12 15:35
在T2T基因组直播课程中第八步根据参考基因组挂载染色体，共线性...
你得到这个图应该是已经拿到了ragtag.scaffold.fasta， 用来做比对的这个fasta文件就是你的“染色体水平基因组”，这个只是一个可视化的检验结果。剩下没有挂载上去的contig基本上是靠手动挂载了。
回答于 2024-04-22 20:50