Ti Amo
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31 个回答

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Liftoff的Python脚本运行出错

检查一下你的chr.txt里面是不是有第一列为6的,第一列是ath.fa.gz(参考基因组)的染色体编号,ath.fa.gz里面没有名字叫做6的染色体。 或者你可以去掉 -chroms chr.txt再运行

回答于 2024-09-09 17:08

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基因组注释数据库解压失败

在周老师给的链接里更新了md5文件,建议先md5检查一下数据完整性 看了一下报错,选择使用 tar xvf database.tar.gz 看看是否可行

回答于 2024-09-09 13:30

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esl-seqstat: command not found

不在t2t的镜像里,在annotiation的镜像里

回答于 2024-08-27 17:02

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能使用mummer进行基因组组装的辅助挂载吗?如果可以,能分享一下...

ragtag是用mummer做的比对然后挂载的。可以使用ragtag的scaffold功能

回答于 2024-08-16 18:16

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老师 就是Rhododendron_delavayi 和Rhododendron_irroratum这两...

这边报错显示你的gff3格式可能存在问题,少于8列,建议检查一下gff3

回答于 2024-08-14 14:32

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老师 请问以下就是circos图中,染色体怎么设置才能使按照1到13...

1. 染色体顺序 需要检查一下circos绘图配置文件提供的karyotype文件,比如我这里就是Vitis_vinifera.karyotype.txt这个文件: 主要检查第三列和第四列,看看是否是自己想要的顺序 如果这里没问题但是顺序仍然不是自己想要的,可以在配置文件里强行指定顺序: chromosomes_order=1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,1...

回答于 2024-08-14 14:30

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老师 就是在计较基因组学哪里 请问一下下面这些物种的这些物种...

如果打包下载的zip有问题,尝试在服务器使用FTP地址使用wget进行下载,具体下载指令如下: 下载基因组: wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCF/004/153/795/GCF_004153795.1_AHAU_CSS_1/GCF_004153795.1_AHAU_CSS_1_genomic.fna.gz -O Camellia_sinensis.fa.gz  下载gff:wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.go...

回答于 2024-08-12 11:02

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基因组去冗余的选择

在BUSCO没有太大改变的情况下(即完整性没有太大差异),建议选择连续性更好的组装进行后续的分析,也可以继续通过merqury做一下QV打分,看看是否有差异(组装和测序数据的QV高一些更好)。关于这两个软件的选择,有文章《Identifying and removing haplotypic duplication in primary genome assemblies》进行了比较,文中...

回答于 2024-06-12 15:35

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在T2T基因组直播课程中第八步根据参考基因组挂载染色体,共线性...

你得到这个图应该是已经拿到了ragtag.scaffold.fasta, 用来做比对的这个fasta文件就是你的“染色体水平基因组”,这个只是一个可视化的检验结果。剩下没有挂载上去的contig基本上是靠手动挂载了。

回答于 2024-04-22 20:50

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群体分析下载的文件里面没有dadi分析的代码和脚本

dadi是更新的课程,资料在百度网盘也更新了,这个文件夹里是dadi的内容:

回答于 2024-03-05 09:45