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rnaseq分析中片段inner size出现问题
老师您好，我的数据是双端测序。代码经过比对也没发现问题。下面是我根据课程pipline改的操作流程代码和sam文件、bam文件里的部分内容，麻烦老师评估一下是哪里出了问题，非常感谢您： #hisat2软件，链特异性文库设置 #--rna-strandness RF or FR #非链特异性文库，不设置此参数 for i in PBS1 PBS2 PBS3 DL125PS1 DL12...
回答于 2024-05-21 15:34
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转录组自主分析的差异基因分析和KEGG富集分析时发生错误，求老师...
使用的代码是 Rscript $scriptdir/enrichKEGG_pip.R --deg.file $workdir/5.deg/normal_vs_tumor.DEG.final.tsv -o KEGG -n normal_vs_tumor --pvalueCutoff 1 --ann.db org.Hs.eg.db --organism hsa --idtype ENSEMBL --totype ENTREZID
回答于 2023-10-07 17:53