21 个问题

• 标题

  回答/浏览

  发布日期
• 老师，我在做泛基因列表时，提取最长转录本都成功提取，但其中一个基因组一直无法提取cds，后来查看提取出的转录本格式一样，但有些内容可能与其他基因组不一样（下载数据时，这个基因组格式是gff3，其他为gff，提取最长转录本时我把他改为了gff），您那边是否可以帮忙修改这个基因组的gff文件，

  1/271

  2025-02-27 15:17
• 老师，在泛基因列表构建时，总共113个基因组，成功提取了最长转录本，提取bed文件，但提取cds文件时，有一个文件A10总是失败，不知道什么原因。

  2/267

  2025-02-26 15:25
• 3 老师，在泛基因列表构建时，总共113个基因组，成功提取了最长转录本，提取bed文件，但提取cds文件时，有一个文件A10总是失败，不知道什么原因。

  0/248

  2025-02-22 21:11
• 老师，我的基因组有113个，今天运行整理泛基因集列表中共线性分析生成pangene.bed和pangene.cds那一步，已经运行了18个小时了，才运行到79个基因组，其他步骤也是，比较慢，有没有快一点的方法呢？与网络有关系吗，换一个快的网线能加快进度吗？或者有没有其他命令可以加快。

  1/303

  2025-02-21 09:06
• 构建泛基因列表，提取最长转录本这一步，运行几个小时之后没有结果是怎么回事？

  0/307

  2025-02-18 21:33
• 3 请问，在3个数据库中进行结构域确认时，为什么我出不来和老师一样的结果，是不是使用的_pep_need_to_confirm.fa文件里面基因名称一行需要修改？

  1/355

  2025-02-14 20:42
• 老师，我更换镜像了，但本地镜像一直加载不了，显示如下。然后，我在服务器上，导入镜像，运行docker run -it --rm --name pangene --group-add keep-groups -v /home/us132/pangene:/work localhost/omicsclass/pan-gene-family:v2.0做了泛基因集构建。之后继续做其他分析，然而，运行镜像时一直出错，进不去，错误显示如下。

  2/357

  2025-02-13 15:34
• 泛基因家族分析时，泛基因集构建与家族成员分析用的镜像不同，有区别吗

  1/353

  2025-02-12 16:38
• 5 请问利用jcvi整理泛基因列表，做JCVI做共线性分析时，一直提示/bin/bash: lastdb: command not found，是没有安装Last软件包吗？目前使用的镜像是购买课程时老师提供的，数据是26个玉米基因组数据（由于空间不足，只用了19个基因组）

  2/377

  2025-02-11 15:34
• 5 请问泛基因家族分析实操课程中老师用到的泛基因列表为什么和课程泛基因集构建得到的列表不一样呢？

  2/612

  2025-01-23 14:41