17小时前 回答问题

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17小时前 回答问题

可以提供参考数据库，如果没有参考数据库是根据缺失SNP周围的SNP结合LD情况推断的，具体可以参考beagle参考文献

1天前 回答问题

只是警告。忽略即可，不影响后续分析

1天前 回答问题

数据量大，需要电脑内存足够才行，不然系统会自动杀死：https://www.omicsclass.com/article/1413

2天前 回答问题

没有用过这个软件，建议你看看他的软件说明吧：https://github.com/constantAmateur/SoupX

2天前 回答问题

这个没法调整，你可以试试输入通路试试，比如 GO，REACTOME等；如果还是没有说明你的差异分组没有通路富集； 或者换一种富集方法，GSEA富集方法；

2天前 回答问题

看看你的过滤条件是不是太严格了，你适当放宽条件；

4天前 回答问题

建议截图解释问题， 你这个文件在当前文件夹吗？检查一下： celltype.tsv  如果在，打开看一下内容是否正确

4天前 回答问题

GSEA 富集分析是先对两组之间基因的表达差异程度（通常是差异比较的fold change）进行排序，之后再看通路里面的基因在排序上是否有富集，具体看看这里：https://www.omicsclass.com/article/230所以这里的 minGSSize和maxGSSize 是关心的信号通路等里面基因的数量限制，基因数量太少的和太多的不纳入GSEA富集分析；

5天前 回答问题

可以用vcftools提取想要的样本SNP数据，准备一个文本文件，一个样本名字一行：sample.txt vcftools --vcf input_file.vcf  --keep sample.txt --recode --recode-INFO-all --out sub_SNP