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老师您好，使用beagle 进行基因型填充的时候填充依据是什么啊，...
可以提供参考数据库，如果没有参考数据库是根据缺失SNP周围的SNP结合LD情况推断的，具体可以参考beagle参考文献
回答于 1天前
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vcftools 过滤等位基因。 老师，用的同样是vcftools过滤indel sn...
看看你的过滤条件是不是太严格了，你适当放宽条件； 不同的数据测序深度，样本数量都不一样，灵活调整参数； 不知道你的过滤条件是啥，最好把你的数据基本情况介绍一下，使用的命令行贴一下好给你建议；
回答于 3天前
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单细胞高级分析代码的报错求助
建议截图解释问题，不知道你是运行R命令，还是shell命令； 你这个文件在当前文件夹吗？检查一下： celltype.tsv 如果在，打开看一下内容是否正确
回答于 4天前
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有关于GSEA富集分析参数设置
GSEA 富集分析是先对两组之间所有基因的表达差异程度（通常是差异比较的fold change）进行排序，之后再看通路里面的基因在排序上是否有富集，具体看看这里：https://www.omicsclass.com/article/230所以这里的 minGSSize和maxGSSize 是关心的信号通路等里面基因的数量限制，基因数量太少的和太多的信号通路等不纳入GSEA富集...
回答于 5天前
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怎么从全部的300份重测序数据的vcf.gz文件中抽出自己的想要的200...
可以用vcftools提取想要的样本SNP数据，准备一个文本文件，一个样本名字一行：sample.txt vcftools --vcf input_file.vcf --keep sample.txt --recode --recode-INFO-all --out sub_SNP
回答于 5天前