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关于assay函数提取FPKM表达矩阵的问题
TCGA 数据库更新了，需要用新代码下载：https://www.omicsclass.com/article/1664
回答于 2022-05-13 14:34
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indel引物设计
你的indel 是基因组上的吧； 如果是，indel两边的序列需要到基因组上截取，所以需要整个基因组； vcf文件你看看，自己转换； 引物设计和vcf文件获得可以学习重测序课程；https://zzw.h5.xeknow.com/s/1VQOjQ
回答于 2022-05-08 16:18
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annovar报错问题
有些参考基因组里面有一些 ambiguous 碱基 ，ANNOVAR处理不了，这是作者的回答：https://annovar.openbioinformatics.org/en/latest/misc/faq/ 解决办法就是将 ambiguous 碱基根据IUPAC ：（https://www.omicsclass.com/article/409 ）编码替换成一单个碱基；
回答于 2022-05-08 16:10