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擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

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运行mcmctree报错2.0

高效的提问应该把所有输入文件命令行都贴一下,最后再贴报错信息,初学者大多都是输入文件格式错误导致报错; 看你的贴图: 输入文件格式问题吧,你把你的输入文件都贴图一下,检查是否格式错误导致软件报错; 这里标记化石时间错了,一般标记枝的分离时间(标记在括号的后面),你这个标记到物种了,标记错了,你再看看...

回答于 2024-05-14 10:12

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bam文件排序时出错

硬盘存储不够了,需要扩大存储,或者删除一些数据再分析; Disk quota exceeded

回答于 2024-05-13 10:02

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老师您好我想问一下做GWAS分析,我的物种是异花授粉植物,我要研...

调查油脂含量用种子即可; 高通量测序可以用叶片;

回答于 2024-05-11 09:50

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隐马尔可夫模型hmm文件下载不了了

可以下载的,例如:https://www.ebi.ac.uk/interpro/entry/pfam/PF03106/

回答于 2024-05-10 14:10

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重测序

可以整理一个样本数据文件列表,第一列为样本ID,第二列为fq1的文件绝对路径,第三列为fq2的文件绝对路径;把for循环替换成while 循环; 例如: cat data-path-list.txt | while read i fq1 fq2;dobwa mem  $BWA_INDEX  $fq1 $fq2 -t 1 -M \        -R "@RG\tID:${i}\tLB:${i}\tPL:ILLUMINA\tSM:${i}" \        |samtools...

回答于 2024-05-09 12:06

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扩增子:真菌ITS分析unite不匹配

是使用的我们的课程代码吗:https://bdtcd.xetslk.com/s/qZRiF 如果是的,你这个输入文件( $dbdir/qiime2/unite_ver9_99_25.07.2023-Q2-2023.7.qza)写错了,脚本里面不是这个文件

回答于 2024-05-09 10:23

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你好老师 为什么我一直提示磁盘超额 Filezilla也一直传输文件失...

培训服务器只做练习使用,分配的存储空间有限不能分析自己的数据,如果要分析自己的数据可以购买我们的云服务器:https://study.omicsclass.com/index

回答于 2024-05-08 15:53

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gff文件基因名重命名

这个需要手动编写perl或者python代码批量修改才行;

回答于 2024-05-08 14:27

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基因组重测序使用qualimap 出现Exception in thread "main" java...

用的是我们的docker镜像分析的吗?如果不是那就是软件环境配置问题, 建议用我们提供的docker镜像分析;

回答于 2024-05-07 13:18

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beeswarm添加box图后的legend颜色设置问题

ER 这变量需要是因子才行:as.numeric(as.factor(ER)) 如果是字符串转换不了整数;

回答于 2024-05-07 10:17