那可以这样写: --ident.2 不设置即可 Rscript $scripts/seurat_FindMarkers.r --rds $workdir/05.cell_type_ann/pbmc.added.celltype.rds \ -p FindMarkers --ident.1 "CD4 Naive T" --test.use DESeq2 --logfc.threshold 0.25 可以这样看看脚本帮助:
回答于 2024-07-02 17:37
不知道你的PCA行是样本还是列是样本, 我们一般行是样本,列是主成分。你删除第一行有问题吧;
回答于 2024-07-01 10:09
建议你截图说明你的输入文件,看不到你的文件不好指出问题所在;
回答于 2024-07-01 10:01