omicsgene 的回答 - 组学大讲堂问答社区

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plink怎么设置样本的PPID，MID，Sex信息？

这个你查一下plink的文件格式帮助信息：https://www.cog-genomics.org/plink/1.9/formats

回答于 2024-04-22 09:10

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这个地方换成你的染色体ID：

回答于 2024-04-22 09:06

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可能是你的软件安装问题吧，可以拿我们的测试数据测试一下软件；建议你你用我们的docker镜像吧，我们的软件安装都测试过的；再就是看看文件有没有异常吧；

回答于 2024-04-19 18:01

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这个需要测试查看你的输入文件是不有问题；光从你的描述我也不好推断原因；这些异常的基因都去看看删除一下试试，还有就是文件不要在windows下用记事本修改导致文件兼容问题；编辑用专业的工具并设置：https://www.omicsclass.com/article/395

回答于 2024-04-19 17:59

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那些太短的scaffold去除一下，太多染色体circos会报错；展示染色体就行

回答于 2024-04-19 17:56

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输入的vcf文件格式问题吧，你检查输入文件看看有没有异常

回答于 2024-04-19 11:18

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看看运行过程中最后有没有报错吧，如果最后有killed字样就表示内存不够导致系统杀死了任务；

回答于 2024-04-19 11:09

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数据质控，一般测序公司会给质控好的；

回答于 2024-04-18 18:34

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我看命令行没有问题，可能你的电脑没有联网吧，你再试试的；

回答于 2024-04-18 18:33

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可以的，你可以先把双端的用flash 软件合并成单端的，再和单端的合并一起用qiime2 导入分析

回答于 2024-04-18 18:29