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擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

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你好老师,我想请问一下,有没有代码可以计算群体的多态性信息含...

stacks 这个 软件可以计算你看看的:https://catchenlab.life.illinois.edu/stacks/manual/ populations.sumstats.tsv: Summary statistics for each population The populations program will calculate a standard set of population genetic statistics for population in the set of data it processes. These va...

回答于 2024-12-05 09:14

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泛基因组核心基因和可变基因长度比较core_pan_gene_compare.r报...

差异比较分组有问题,需要调试代码看看才行;

回答于 2024-12-03 13:31

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老师您好!我在使用ParaAT是报错,提示Generating homologous gr...

Reading homologous groups from homo_pairs.txt1: 100 groups Reading nucleotide sequences from Input_cds.fa: 118339 nucleotide sequences Reading amino acid sequences from Input_pep.fa: 118339 amino acid sequences  看看这些文件里面的序列ID是否一致 100 行基因的ID是否在序列里面

回答于 2024-12-03 13:17

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重测序

work.sh 里面的下面两行贴在2.data_qc.sh  文件最前面; 这两个shell变量需要设置一下;  datadir= workdir=

回答于 2024-12-03 12:02

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老师您好,在做GWAS分析的时候,性状数据不是连续的数字,是0,1...

可以的,你试试的; 表型直接写 0 1 即可

回答于 2024-12-03 09:09

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重测问题

可以把命令写到一个sh文件里面,然后nohup后台运行; 购买我们的服务器登录的时候有个操作手册链接里面有说明,你可以学习一下;

回答于 2024-12-03 09:06

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Doker打不开,显示内存不够,电脑还有100G内存: don't have enou...

内存和存储是不一样的,你内存不足升级电脑内存;

回答于 2024-12-02 16:25

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泛基因家族mkdir文件夹显示已存在,但目录里没有任何内容

你需要把要分析的数据用filezillia上传到服务器才行。 linux基础课需要学习一下:https://bdtcd.xetlk.com/s/17gwqZ

回答于 2024-12-01 08:22

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老师,我在分析PSMC时,出现无法查找到染色体名称,fa文件里面的...

你这个是基因的cds序列吧都是ATG开头,你搞错了,你再检查数据看看的;

回答于 2024-11-30 08:25

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genome

这个你要看看文件说明,或者自己打开看看的; 我推测 chr版本是染色体的,不包含其他scaffold; 另外文件是包含所有序列的,如果要完整的话建议选择这个文件; 具体还需要你去打开文件观察验证的;

回答于 2024-11-29 11:03