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转录组数据分析，差异基因的功能在GO和其他数据库（NR, Swiss_po...
注释一般都是同源比对，相似的基因有相似的功能，咱们研究的基因如果比对到数据库某个基因就认为我们的基因也具有相同的功能； 所以不同的数据库收录的库序列不一样，注释会有差异也是正常的；建议取并集看看注释结果；
回答于 2019-07-03 17:41
用TCGAbiolinks下载数据时无法选择primary site的分类
提示没有primary.site 参数，你不能随意添加参数； 更多TCGA数据下载的参数可以参照官方说明：http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/TCGAbiolinks/inst/doc/download_prepare.html
回答于 2019-07-02 10:21
有没有用过aspera软件上传数据的呢，我在写命令的时候总是出错
存放的路径中有个目录名字有空格： 简单的处理，把aspera 存储到没有空格目录的路径；或者把路径用"" 号引起来 关于aspera上传数据可以参考：https://www.omicsclass.com/article/398
回答于 2019-06-30 16:41
老师您好，我在运行多个基因组共线性时出现报错，mcscan_layout...
上面已经提示了，基因的ID，也就是simple里面的基因ID 在bed里面找不到，你确认是不是搞错了； 关于多个基因组放在一起绘制共线性，你可以参考这里：MCscan GitHub wiki https://github.com/tanghaibao/jcvi/wiki/MCscan-(Python-version) , GitHub, June 9th, 2018
回答于 2019-06-28 16:36
kaks使用phy还是出现not equal如何解决
cds比对可以先蛋白比对，再转换成cds比对，就不会出现这种情况了： 批量比对计算参考这里：https://www.omicsclass.com/article/1939 课程已经更新了这个内容；https://bdtcd.xet.tech/s/1BAqPp
回答于 2019-06-26 11:18