omicsgene 的回答 - 组学大讲堂问答社区

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在分析基因上游顺势元件时出现这个报错信息时，怎么办

怎么输入的是拟南芥的基因组序列？你截取自己基因的，要输入自己物种的基因组序列；

回答于 2019-05-13 10:13

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请问老师做基因染色体定位没有dna.fa文件，可以用transcript.fa... 已采纳

不可以，染色体定位需要知道每条染色体的总长度；

回答于 2019-05-09 17:45

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你好，请问做顺势作用元件分析时，小麦分染色体提取时，怎么每条...

输入文件没问题的话，应该是内存不够；

回答于 2019-05-09 09:11

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如何选取拥有多个isoform的基因的蛋白序列来构建进化树？已采纳

选取一个具有该结构域的蛋白序列就行；

回答于 2019-05-09 09:10

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基因家族筛选

不同的家族筛选条件不统一，所以不好给你回答，这里有文献讲解，你可以从中获得筛选条件：文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读

回答于 2019-05-09 09:08

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老师，我提的GFF文件里面的mRNA2geneID.txt与要去除冗余的基因名... 已采纳

NCBI上的 gff ，cds，pep蛋白序列ID经常不统一，所以对应起来比较麻烦，建议你换个地方下载基因组文件。或者自己手动或者编写程序对应一下；

回答于 2019-05-09 09:07

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老师，我用perl script/select_redundant_mRNA.pl去除冗余，结果... 已采纳

你的转录本ID 和基因与转录本对应文件里面的ID不一致，你看看: 所以脚本找不到对应的ID

回答于 2019-05-08 13:14

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如何确定ORF的长度

可以参考这个了解一下，可能对你有帮助：https://www.omicsclass.com/article/805

回答于 2019-05-08 09:12

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老师请问gff文件提前mRNA的id不是数字，是字母，是不是脚本需要... 已采纳

脚本会读取ID和Parent信息，读取正确，不需要更换：

回答于 2019-05-08 09:09

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老师，我用perl script/select_redundant_mRNA.pl去除冗余，最后...

输入的文件都截图看一下；输入的文件可能有问题；

回答于 2019-05-07 15:42

3898 个回答

在分析基因上游顺势元件时出现这个报错信息时，怎么办

请问老师做基因染色体定位没有dna.fa文件，可以用transcript.fa... 已采纳

你好，请问做顺势作用元件分析时，小麦分染色体提取时，怎么每条...

如何选取拥有多个isoform的基因的蛋白序列来构建进化树？ 已采纳

基因家族筛选

老师，我提的GFF文件里面的mRNA2geneID.txt与要去除冗余的基因名... 已采纳

老师，我用perl script/select_redundant_mRNA.pl去除冗余，结果... 已采纳

如何确定ORF的长度

老师请问gff文件提前mRNA的id不是数字，是字母，是不是脚本需要... 已采纳

老师，我用perl script/select_redundant_mRNA.pl去除冗余，最后...

如何选取拥有多个isoform的基因的蛋白序列来构建进化树？已采纳