omicsgene
omicsgene - 生物信息
实名认证 专业认证

性别: 北京 - 北京市 注册于 2018-04-20

擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

生物信息

向TA求助
13824金币数
77630 经验值
428个粉丝
主页被访问 75570 次

3898 个回答

0 赞同

根据HSF基因的pfam模型在转录组结果中找到很多基因,这些基因都...

只要有结构域,就是这个家族的基因。

回答于 2019-04-03 10:50

1 赞同

老师,我的gene-ID和mRNA-ID用mRNAid_to_geneid.pl提取不出来,...

我看你的GFF文件没问题,应该是可以提取出来的,你再试一下,或者把结果截图我看一下;

回答于 2019-04-03 08:56

0 赞同

基因家族转录组数据

你用同一套参考基因组就行,不要用两个基因组。 转录表达用二代数据做表达量就好了;

回答于 2019-04-03 08:55

0 赞同

老师,我想问一下,怎么将多个物种一起构建进化树。比如说构建向...

把这些物种基因组内的NBS基因的蛋白序列放在一起多序列比对,然后构建进化树就可以了;

回答于 2019-04-02 17:43

0 赞同

FileZilla Client出错

如果是服务器一般开头:sftp://  后面跟IP地址。 再有检查IP地址和端口号是否写错;

回答于 2019-04-02 17:42

0 赞同

如何筛选阈值来作为潜在的成员来做第二次的hmm筛选

要进行二次搜索,需要重新建立结构域hmm模型,建议选取可靠完整的结构域建立hmm模型。hmm搜索结果说明见:https://www.omicsclass.com/article/499 基因家族数量,建议看看相关文献;

回答于 2019-04-02 17:40

0 赞同

导入Bio-linux时报错E_FALL(0x80004005) 求老师解答,谢谢

在电脑的BIOS中把CPU的虚拟化打开一下 参考:https://www.omicsclass.com/article/78 

回答于 2019-04-01 21:28

0 赞同

如何用hmmer软件中的hmmbuild程序构建MAPK的隐马尔科夫模型(HMM...

基因家族课程里面有这部分课程:学习链接:基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读

回答于 2019-04-01 10:26

0 赞同

基因串联

1.可以用全基因组的方法,就是MCScanX分析的方法; 2.blast方法,串联重复与大片段复制定义如下: Gene duplications are considered to be one of the primary driving forces in the evolution of genomes and genetic systems [22]. Duplicated genes provide raw material for the generation of new genes, which, i...

回答于 2019-04-01 10:24

0 赞同

blast进行复制基因查找分析

1.可以用全基因组的方法,就是MCScanX分析的方法; 2.blast方法,串联重复与大片段复制定义如下: Gene duplications are considered to be one of the primary driving forces in the evolution of genomes and genetic systems [22]. Duplicated genes provide raw material for the generation of new genes, which, i...

回答于 2019-03-30 23:00