输出目录,nramp_motif 需要提前用mkdir提前建立好; 看你的报错信息,应该是当前目录,没有写的权限,你挂载共享目录的时候,千万别选只读分配;
回答于 2019-03-09 19:46
gff脚本会读取,9列里面的ID=后面的ID,输入ID与之对应才能运行成功; 具体可以参考这个问题:https://www.omicsclass.com/question/994
回答于 2019-03-09 19:44
可能你设置了全局斜体字体font,可以添加参数,font=1,正常显示;你可以试一下; font 参数详解: An integer which specifies which font to use for text. If possible, device drivers arrange so that 1 corresponds to plain text (the default), 2 to bold face, 3 to italic and 4 to bold italic. Also, font 5...
回答于 2019-03-08 09:25
1.fasta文件,第一个空格前面才是序列ID,后面的都是序列的注释信息,我们的脚本会忽略注释信息,只读ID 2.GFF文件,gff文件,我们的脚本只会读ID= 后面的ID信息;其他的信息会忽略,你贴的脚本很多,不知道你的问题是哪一个? 3.运行位置脚本的时候,ID要对应才能得到正确的结果,所以要观察自己的文件是否ID匹配;看你...
回答于 2019-03-08 09:17
组装之后的基因组,肯定有蛋白质序列和cds序列,你再找找吧。 不然你需要写程序根据gff注释信息从基因组截取cds序列,再翻译出蛋白质;
回答于 2019-03-06 09:06
关于基因家族基因的扩张与收缩,为比较基因组分析内容,比较复杂,不是简单几句就能解释清楚; 你可以参考这篇文章,借鉴一下方法: https://www.nature.com/articles/ncomms3071
回答于 2019-03-04 17:54
这个看筛选条件了,有的家族进化比较快所以基因之间差异较大,有的家族进化慢,基因之间的保守性高; NCBI的CDD工具更新较快,确认是完整的建议保留;
回答于 2019-03-04 13:20
可根据样品编号区分不同的类型,具体见:https://www.omicsclass.com/article/439
回答于 2019-03-03 17:59