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Hisat2-building建立index中的killed问题

内存不够,histat 建立索引内存需求很大,你参考基因组3.4G,需要几百G以上的内存。

回答于 2019-02-10 20:16

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共线性分析

MCScanX分析共线性,是利用基因组上所有基因做共线性,之后再做家族基因之间的共线性;

回答于 2019-02-01 11:43

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请问kaks_calculator 计算分歧时间时Divergence-Time单位是什么...

这个你得具体看文章的计算方法,这里查阅了一篇文献计算方法如下,他是用KaKs_Calculator计算,但是没有直接用KaKs_Calculator里面的分离时间: 我用这篇文章的算法计算了一下的确是这样: 但是,至于KaKs_Calculator结果里面的Divergence-Time列是怎么个单位尺度,我这里还么有查到具体结果。 关键参数r,突变速...

回答于 2019-01-31 14:39

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"组学大讲堂"--Linus常用命令处理生物数据,这一课的免费视频在...

课程链接在这里:linux命令处理生物数据 更多生物信息课程: 1. 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解不深入?图表看不懂?点击链接学习深入解读数据结果文件,学习链接:转录组(有参)结果解读;转录组(无...

回答于 2019-01-30 13:33

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1.记事本的内容怎么通过perl语言得到2.记事本的内容呢?有人可以...

这是解决代码,你可以学习一下: die "perl $0 <in>  <out>" unless(@ARGV==2);open IN,"$ARGV[0]" or die "$!";open OUT,">$ARGV[1]" or die "$!";my%TE=();while(<IN>){ chomp; my @tmp=split(/\s+/); if(exists $TE{$tmp[0]}){    $TE{$tmp[0]}=$TE{$tmp[0]}."\t$tmp[1]"; }else{    $TE{$tmp[...

回答于 2019-01-30 09:30

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重测序寻找T-DNA插入问题

外源插入可以参考这个查找:https://www.omicsclass.com/article/52 重测序数据比对一般用bwa;

回答于 2019-01-29 21:56

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如何修改perl脚本从cds文件中提取上游序列呢?(有些cds中的scaf...

没有基因组信息无法提取基因上游序列,我看你命令行输入的不是基因组序列吧;

回答于 2019-01-28 14:44

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请问转录组用QPCR验证的时候Log2怎么求的

qPCR相对表达量计算方法详情可参考:https://www.omicsclass.com/article/446

回答于 2019-01-27 11:31

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Mscanx染色体名称显示问题

python版本的mcscanX会自动读取染色体ID中的数字部分用于绘图,所以会出现只有数字。绘图之后你可以用adobe illustrator打开PDF文件手动修改一下。

回答于 2019-01-27 11:28

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共线性分析

fasta文件格式了解一下,> 后面第一个空白前面为序列的ID,后面的所有信息都是注释信息,这些注释信息与分析无关。只要有ID就行;。

回答于 2019-01-27 11:26