omicsgene 的回答 - 组学大讲堂问答社区

0 赞同

ORF (bp) ，domain starteend，Sub-cellular localization和No....

orf，No. of introns 可在基因组注释文件GFF里面获得； domain 位置，hmmer搜索的结果里面有；亚细胞定位有专门的网站工具可以预测，你可以看看文献；

回答于 2019-01-20 21:43

0 赞同

可以用mapchart软件完成染色体定位：https://www.omicsclass.com/article/397 安装包可自行下载；

回答于 2019-01-20 21:41

0 赞同

检查你的links文件，里面是不是有一行位置重复链接到了自己，或者有一行两个基因挨的很近，所以链接又回来了；然后就出现上面的情况；基因名字重叠，只显示一个：可以参考这篇文章：https://www.omicsclass.com/article/644 添加设置这个参数：

回答于 2019-01-18 16:13

0 赞同

mega分析建议在windows上操作，会很好用，命令行不好用；

回答于 2019-01-17 19:29

0 赞同

基因家族成员命名，自己决定就行，一般按照基因在染色体出现的顺序取名就行，不一定非要按照他那种方法取名，自己决定就行；至于同源取名我这边不太清楚，你再看看文献；

回答于 2019-01-17 19:28

0 赞同

这个网站可以分析氨基酸序列的信息，你想要的都有：http://web.expasy.org/protparam/ 注意输入的序列，不要有ID行，纯序列就行：结果如下：更多基因家族分析见：《基因家族分析视频课程》《基因家族分析文献详解》

回答于 2019-01-17 11:10

0 赞同

blastp吧，这个是引物基因序列太短了，忽略就行，不影响结果；

回答于 2019-01-16 23:41

0 赞同

二代测序都是短序列，当然不能用于基因家族分析了；

回答于 2019-01-16 23:40

0 赞同

文献上已鉴定出来的此类家族一般成员同时含A，B，C;或者含A，B;或者B，C就说明是属于这个基因家族. 你忽略D结构域就可以；有 AB就算；

回答于 2019-01-16 14:13

3 赞同

很明细你输入的基因ID列表和gff中的基因ID列表不一致，所以没有提取成功：注意红框框处；

回答于 2019-01-15 11:11