omicsgene
omicsgene - 生物信息
实名认证 专业认证

性别: 北京 - 北京市 注册于 2018-04-20

擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

生物信息

向TA求助
13823金币数
77620 经验值
428个粉丝
主页被访问 75530 次

3897 个回答

0 赞同

老师,麻烦您帮我看一下我在做共线性分析时用到vlookup, 方法跟...

看你的公式应该是没有写错: 1.手动搜索确认一下,在sheet2中复制一个ID在sheet1中搜索一下,确定是否在sheet1中存在sheet2中的ID; 2.如果确认确实存在ID,是不是公式没有拉到excel底部?

回答于 2018-12-18 10:18

0 赞同

麻烦求助,在使用ncbi_gff_2_Ensembl_gff.pl这个脚本的时出现报...

尽量不要使用NCBI上的基因组,处理起来比较麻烦。可到ensembl,JGI等网站下载。 或者到物种专门的基因组网站下载。

回答于 2018-12-17 22:41

0 赞同

下载的gff注释文件中没有 两端 UTR信息,有没有批量识别UTR的工...

基因上游都是N,有工具预测也预测不出UTR。

回答于 2018-12-17 15:28

0 赞同

老师,我想问一下,我在预测顺式作用元件时,在提取出来的基因上...

正常的,基因组中基因上游可能没有组装成功;所以截取到了带有N的序列; 你可以检查一下基因组是否是这样;

回答于 2018-12-17 15:27

0 赞同

用ncbi搜索pfam号 为什么没有 出来的是pmid 怎么办 文章也没有pf...

如何查找Pfam号:https://www.omicsclass.com/question/268 如果还是查找没有,说明你研究的基因家族本身就没有pfam号;

回答于 2018-12-17 15:25

0 赞同

对于标准化的数据应该如何绘制火山图呢?

火山图是做完差异分析之后才能绘制;与标准化数据无关; 绘制火山图见:https://www.omicsclass.com/article/191

回答于 2018-12-17 10:39

0 赞同

老师,我在做共线性分析时,在准备配置文件时有一些关于染色体的...

pt 和mt 一般是叶绿体和线粒体,通常不做共线性分析; 如果要做的话,染色体名字是什么就填什么,不一定非要都是数字,0也可以;

回答于 2018-12-17 10:35

0 赞同

MCScanX family_circle_plotter 运行错误

截图内容太少,无法分析原因; 只能给你建议: 检查输入文件路径是否写错,命令行是否写错,输入文件格式数据编写错误;

回答于 2018-12-17 10:33

1 赞同

数据筛选

不知道你怎么拿什么注释的,不知道你注释的准确与否; 建议自行取舍一下; 

回答于 2018-12-17 10:31

0 赞同

老师,我在两个基因组间的共线性分析时,在excel中用到vlookup时...

你得截图说明你的问题,不然我这里只能猜测: 1.你的公式写错;或者ID本身就没有查找到; 2.你往下翻翻,因为大部分是NA,  不是NA的少数,你可能没看到; 

回答于 2018-12-17 10:29