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NCBI下载基因组文件作基因家族分析
gff和gff3 文件格式差不多，你看好染色体，基因ID等等对应关系就好； NCBI上的GFF文件ID对应不是很好，你可以参考这个脚本修改一下：https://www.omicsclass.com/article/566 gff格式说明见：https://www.omicsclass.com/article/306
回答于 2018-11-24 12:27
基因家族分析绘制基因在染色体上的位置gene_chr。txt是空文件。
生成的没问题，第一列是序列ID，第二列是序列的长度。 你可以看看你的序列文件检查一下；
回答于 2018-11-24 12:24
基因倍增后两个子基因的命运
首先你得找到基因之间的倍增关系，可以用基因组内共线性的方法发现倍增关系，但是，一个基因是不是lncRNA你需要鉴定一下，是否有编码功能都得鉴定。 基因组共线性分析可以参考：https://www.omicsclass.com/article/275
回答于 2018-11-24 12:21
请问我在用MCScanX里面的例子的过程中出现这个问题，怎么解决呢
请安装MCScanX软件，再运行，参考： https://www.omicsclass.com/article/275 或者下载最新的biolinux，里面有安装好MCScanX： https://www.omicsclass.com/article/526 MCScanX做共线性分析，可观看视频：《基因家族分析实操课程》
回答于 2018-11-23 19:10
在做基因家族分析时，画circos图的时候，只画出了一半，背景没有...
确定 检查路径了吗？ 这里提示找不到文件，路径写错，注意绝对路径和相对路径； 你再检查一下；还有截图一定要截完整，图左边没截全；
回答于 2018-11-23 14:47
家族分析序列提取后一个基因会有多条转录本，如何取舍？
选一个作为他的代表序列就可以了，参照：https://www.omicsclass.com/question/259
回答于 2018-11-23 12:48
老师 我在做不同物种之间的共线性分析 最后出结果出图的时候出...
你运行的哪条命令？输入文件是什么？ 给我的信息太少，我只能猜测，你检查你的相同物种的gff和bed 文件基因ID是否对应？ 如果是绘图的话，检查最后两个配置文件输入文件是否写的正确；
回答于 2018-11-23 11:34