这个需要自己制作,可以看看这个:https://www.omicsclass.com/course/26
回答于 2018-11-05 18:55
没有用过bioperl计算KAKS,不太了解; 代码提问,直接贴图,不太友好; 可以把代码txt粘贴,输入文件粘贴一下,感兴趣的人可以帮忙测试一下; 你这样贴图,很少有耐心的人会敲出代码帮你测试,找原因
回答于 2018-11-04 20:38
你得知道这两个文件里面存的是什么: family.ctl 存的是拟南芥基因组染色体号,你如果要做你的基因组,你把里面的拟南芥的基因组染色体编号换成自己的,就可以了,不用去下载。 MADS_box_family.txt 文件里面存的是某个基因组家族的所有基因,你换成自己基因组中分析出来的基因家族基因ID就可以了; 所以不是去下载,...
回答于 2018-11-03 21:51
MCScanX我们biolinux当中已经安装,请使用课程使用的路径运行MCScanX,自行安装的MCScanX,我这不好说错误原因; 权限问题,可以在命令行前面加sudo;
回答于 2018-11-02 19:23
串联重复基因当然是相同的染色体了:看看定义: https://www.omicsclass.com/question/1 blast分析的串联重复基因或者大片段复制基因,这个需要自己判断,如果在同一条染色体且距离小于100k时为串联重复;不同文献判断参数有差异;例如下文献: 参考文献:https://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s128...
回答于 2018-11-01 21:33
建议重新下载我们提供的biolinux的ova包,免去安装的麻烦:路径:/biosoft/circos/circos-0.69-6/bin/circos 如果自行安装,参考:https://www.omicsclass.com/article/519 我们提供的biolinux下载地址:https://pan.baidu.com/s/1ui9ndOsjbtgHrJoxxOcTMQ
回答于 2018-11-01 13:09
你截图太少了,我没法给你看出原因;请仔细检查下windows目录名字是否设置正确,提前建立好;linux检查命令行拼写错误,linux下share目录要提前建立好;具体注意事项参考:https://www.omicsclass.com/article/260
回答于 2018-10-31 09:34