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老师，分析基因的在染色体上的外显子，内含子，UTR位置信息时，
get_gene_exon_from_gff.pl 这个脚本直接从gff文件里面提取信息，你就别用gffread转换成gtf了，对你来说没用，忽略就行；我记得gffread这行已经注释了； 没用CDS的信息，你查看一下ID，信息对应关系，也就是输入提取的ID和GFF里面的CDS行对应的ID是否一致；
回答于 2018-10-31 09:22
黄老师，从转录因子数据库（http://planttfdb.cbi.pku.edu.cn/）...
分析方法不同搜索出来的基因会有差异，这是正常的，不好评价准确性，这个需要比较才能知道。我只能说你可以详细看看各自是通过什么方法鉴定的。可以手动到NCBI的CDD，SMART等数据库再确认一下他们的准确性。
回答于 2018-10-30 17:03
64位的电脑装VirtualBox新导入的biolinux虚拟电脑都是32位的系统...
这是由于你的电脑的CPU虚拟化没有打开，参考下面文章在BIOS中打开一下： 可以参考这里：https://www.omicsclass.com/article/367 联想thinkpad虚拟化开启参考方法：https://jingyan.baidu.com/article/49711c6168a212fa441b7cf4.html
回答于 2018-10-30 16:49
利用gblocks提取序列保守结构域时报错
看网页提示，你提供的文件格式不对，你检查下文件格式，建议mega中用clustalw多序列比对好之后导出fasta格式的比对文件再提交上去； 后面的option选项是，提示筛选保守区域的严格程度的；你可以勾选试试。
回答于 2018-10-30 09:44
MCscanX绘制共线性圈图的染色体信息文件family.ctl和基因家族信...
family.ctl：这是拟南芥的染色体编号，你换成你的基因组染色体编号就可以了； 保存一下； 同样：gene_family.txt，里面的是拟南芥的某个基因家族的基因ID列表，你换成你要研究的某物种某基因家族的基因ID列表，就可以； 我课上用的都是拟南芥的额，你把所有的文件都换成自己的，不就是研究自己的基因组，以及自己研究的...
回答于 2018-10-30 09:34
用figtree编辑进化树
目前我知道的，figtree中的bootstrap数字只能是小数；建议将进化树导出pdf用Adobe illustrator修改成整数。 美化编辑进化树建议使用evolview：https://www.omicsclass.com/article/671
回答于 2018-10-30 09:28
TBtools怎么修改motif的填充颜色，点击了element group出现color...
可以下载最新版本的TBtools：https://github.com/CJ-Chen/TBtools 使用方法：https://www.omicsclass.com/article/382 换个显示效果试试：
回答于 2018-10-29 17:42