omicsgene 的回答 - 组学大讲堂问答社区

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老师您好，请问用mega构建进化树根据什么设定bootstrap值呢?还是...

bootstrap一般设置1000就可以了；

回答于 2018-10-15 09:59

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你设置了row.names=1参数，请仔细检查读入数据的第一列是否有重复ID；

回答于 2018-10-14 19:35

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使用谷歌学术搜索，就可以得到；

回答于 2018-10-14 19:27

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参考：https://www.omicsclass.com/question/404

回答于 2018-10-14 19:22

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这个根据自己的基因数量以及长度，bootstrap值的大小和选用的构树方法，基因数量越多，长度越长，bootstrap值越大，用时越久。构树方法：最大似然法用时最长，NJ法用时最短。计算机配置不高,用时一天以上也是有可能的；

回答于 2018-10-14 19:21

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一般序列较多，bootstrap设置1000次构建进化树需要的时间较长；这个和自己的电脑配置有关，以前做过500个基因，bootstrap 设置1000，用时1天时间，不过我们是在大型计算机上完成的；普通计算机用时会更长。还有就是选用的方法，ML方法用时最长，NJ法用时会少一些；

回答于 2018-10-14 19:17

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没有看到图片；以前的基因，你最好找到以前版本的基因组对应的版本下载下来；然后再找到相应的基因序列；自己去对应比较麻烦；

回答于 2018-10-14 19:10

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请仔细观看视频，脚本用法错误，文件名字不要有空格；

回答于 2018-10-14 19:06

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可以输入命令查看帮助，应该是--domT 设置score阈值： hmmsearch -h

回答于 2018-10-13 19:55

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可以参考一下这篇文章：https://www.omicsclass.com/article/39

回答于 2018-10-11 20:12