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黄老师您好，我想通过染色体的两两共线性分析，将杨树中的19条染...
你可以做一下MCScanX分析，然后把两两染色体的共线性结果挑出来，https://www.omicsclass.com/article/275 但是聚类没有做过，我不清楚
回答于 2018-11-28 16:05
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进化树构建
提问注意，不知道你说的是谁，怎么提取的MYB序列？ 序列差异较大，你仔细检查，是不是差异太大。继续删除GAP： https://www.omicsclass.com/article/221 如果差异太大，你可以截取myb结构域构建进化树； 搜索序列可参考：https://www.omicsclass.com/article/553 或者： https://www.omicsclass.com/article/50
回答于 2018-11-28 10:40
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请教一下，我用gene-id在gff3文件里面搜不到gene是什么情况，都...
不知道你搜索的这个ID从哪里得到的，检查是不是基因ID，有可能就是CDS的ID；你检查对应一下，是不是文件有错误；
回答于 2018-11-27 09:16
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在基因家族分析过程中，进化树的构建过程中遇到了如下图的问题：...
应该是序列差异太大，可以删除一些大的gap，或者删除一些差异大的基因： https://www.omicsclass.com/article/221 如果基因全长序列差异太大，建议截取结构域所在序列构建进化树；
回答于 2018-11-27 09:12
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请问circos在配置文件中如何设置link,来凸显出我想要的数据的颜...
这里有circos关于links的官方说明，你可以看一下：http://circos.ca/documentation/tutorials/links/
回答于 2018-11-26 11:04
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