1.了解一下你下载的是什么文件,我看还没有基因组序列,文件大小应该正常。 2.不同的基因家族,成员数量不一样,多的几百个,少的几个都有的,自己研究的基因家族应该去看看在其他物种研究的文献了解一下。
回答于 2018-11-26 10:55
gff和gff3 文件格式差不多,你看好染色体,基因ID等等对应关系就好; NCBI上的GFF文件ID对应不是很好,你可以参考这个脚本修改一下:https://www.omicsclass.com/article/566 gff格式说明见:https://www.omicsclass.com/article/306
回答于 2018-11-24 12:27
生成的没问题,第一列是序列ID,第二列是序列的长度。 你可以看看你的序列文件检查一下;
回答于 2018-11-24 12:24
首先你得找到基因之间的倍增关系,可以用基因组内共线性的方法发现倍增关系,但是,一个基因是不是lncRNA你需要鉴定一下,是否有编码功能都得鉴定。 基因组共线性分析可以参考:https://www.omicsclass.com/article/275
回答于 2018-11-24 12:21
请安装MCScanX软件,再运行,参考: https://www.omicsclass.com/article/275 或者下载最新的biolinux,里面有安装好MCScanX: https://www.omicsclass.com/article/526 MCScanX做共线性分析,可观看视频:《基因家族分析实操课程》
回答于 2018-11-23 19:10
确定 检查路径了吗? 这里提示找不到文件,路径写错,注意绝对路径和相对路径; 你再检查一下;还有截图一定要截完整,图左边没截全;
回答于 2018-11-23 14:47
选一个作为他的代表序列就可以了,参照:https://www.omicsclass.com/question/259
回答于 2018-11-23 12:48