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筛选不到串联重复基因
串联重复基因的筛选方法： 1.根据相似性筛选详情见：https://www.omicsclass.com/question/1 里面的参数不要降低，降低相似度结果不可靠而且没有依据。 2.还可以根据共线性原理分析得到串联重复基因：MCScanX 这部分分析内容在我们课程：《基因家族视频课程》讲解的很详细了； 再检查一下自己输入的文件是否正确，...
回答于 2018-09-14 10:25
老师，您好！我找不到MEME分析perl脚本，请求帮助！
我们提供的biolinux的ova包，里面我们已经安装好了一些软件，可省去自己安装软件的麻烦。如果你是到biolinux官网下载的ova包，里面哪些我们自己安装的软件是没有的，需要你自行安装。 我们打包好的biolinux的ova包详情见：https://www.omicsclass.com/article/169
回答于 2018-09-13 19:31
三代无参全长转录组做基因家族进化树分析时发现有多条序列的蛋白...
相同的序列应该是基因的不同转录本，你选一条代表序列就好：https://www.omicsclass.com/question/259
回答于 2018-09-13 18:36
WGCNA分析，前期数据载入Rstudio中出现“error reading from conn...
用 getwd() 检查下当前目录下，是否存在上述文件；
回答于 2018-09-13 13:16
老师好，请问怎么找一个家族基因隐马尔科夫模型的索取号
想获得一个基因家族的pfam索引号，首先你得有点线索才行： 1.InterPro数据库直接搜索 知道基因家族的功能描述，可通过pfam提供的关键字搜索得到相应的pfam号：https://www.ebi.ac.uk/interpro/search/text/ 2. 文章搜索 比如，知道基因家族基因的缩写，如，NBS，MYB，AP2，WRKY等等, 就可以搜索一下相关的基因...
回答于 2018-09-13 10:41
请教各位老师
看你的数据，应该是一个样品取了三个生物学重复（重复1，重复2，重复3），每一个重复里面的（1和2）应该是双端测序得到的read1和read2两个文件的统计结果，因为后面readnumber和bases数量（两个文件如 YX-001_1 和YX-001_2 ）是一样的。 1. YX-001 的bases数可以 YX-001_1 和YX-001_2 相加； read数量你直接用16,054,...
回答于 2018-09-12 10:51
如何查询hmmer 版本？
输入 以下命令就可以查看到hmmer的版本，查看帮助信息的时候就会打印版本信息，-h参数； hmmsearch -h biolinux当中的meme的版本信息可以用 -version 参数导出版本信息： /biosoft/meme/meme-v4.12.0/bin/meme -version
回答于 2018-09-12 09:09
我一直有一个问题，小麦在做家族鉴定时会有好几个转录本(如.1，....
如果一个基因的多条转录本都有结构域建议选择第一条转录本为基因的代表序列，如果只有一个转录本就用那个转录本就好； 例如下面： 更多可观看：《基因家族实操视频课程》 参考文献：https://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/1471-2164-15-3
回答于 2018-09-11 18:59