你的问题有些饶,不知道你要得到结果文件是什么样子的,这是ncbi分类数据库的下载地址以及说明,你可以根据文件内容之间的对应关系,写个perl脚本应该可以完成。 分类数据库下载taxid 和gi 的对应文件:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/taxonomy/ 其中的文件1:nodes.dmp tax_id -- node id in GenBank taxonomy datab...
回答于 2018-08-26 13:33
觉得还可以吧,可以用figtree编辑美化一下;https://www.omicsclass.com/article/62 不知道你认为高大上的进化树是什么样的?
回答于 2018-08-26 06:52
可到基因组数据库当中下载: 参照JGI数据库网站:https://www.omicsclass.com/article/50 ensembl基因组数据库网站:https://www.omicsclass.com/article/58 如何利用基因组数据库视频课程:https://www.omicsclass.com/video/16
回答于 2018-08-25 21:44
你贴的图片不是正宗的GFF格式的文件吧。 看你的文件基因的位置信息已经有了,你excel筛选一下第三列是gene的列就好。 gff文件格式参见:https://www.omicsclass.com/article/66 和 https://www.omicsclass.com/article/306 如果是GFF文件可请参照这篇文章修改一下:https://www.omicsclass.com/article/175
回答于 2018-08-25 21:41
®是国际上通用的注册商标标记,是英语单词“register”首写大写字母,表示已经注册的意思。在word中打注册商标R标志的方法如下:首先打开在Word,同时按下Alt+Ctrl+R 组合键 即会出现注册商标符号®。
回答于 2018-08-24 15:34
可以适当删除一些差异较大的gap区域,然后构建进化树,如果是一个基因家族的基因,肯定有相对保守的区域; 你可以只用保守区域构建进化树,和只是删除一些gap区域构建进化树对比一下; 目前我看到的关于基因家族的文献里面都没有详细说明差异大的区域的处理方法;如果你有看到可以留言交流; https://www.omicsclass.c...
回答于 2018-08-24 13:39