错误的地方好几处: 1. 35行代码:你的正则表达式书写错误,没有匹配成功,所以 $1,$2 等等也没有捕获成功,都为空; 2. 36行 qw用法有错,记得中间用空格就行,不用逗号 3. 37行代码书写错误,字符串应该用引号引起来; 最后,看看eclipse的提示:错误行,已经出现叹号,说明该行代码有问题,应该仔细检查; 编程基...
回答于 2018-07-26 17:52
TAIR网站用的不是很熟,可以到JGI批量下载相关功能的基因,搜索家族名字例如NBS,PPR,HSP70等等,参照链接:https://www.omicsclass.com/article/50 也可在ensembl上搜索,例如到拟南芥网站:http://plants.ensembl.org/Arabidopsis_thaliana/Info/Index
回答于 2018-07-26 12:05
处理fasta序列最好用bioperl包,非常好用,下面是代码部分,其实你不用遍历hash,直接边读序列边输出就好了: 也不清楚你要的意图,下面的代码是把fasta序列存储到%keep中,并输出到普通文本;遍历hash可参考:https://www.omicsclass.com/question/99 use Bio::SeqIO;use Bio::Seq;$in = Bio::SeqIO->new(-file =...
回答于 2018-07-25 13:01
不明白你要干啥,你是有一些基因ID,想把对应的基因序列提取出来到一个新文件,还是只是把fasta序列中的ID提取出来?问问题要明确,不要让人歧义: perl遍历hash: while(($key, $value) = each(%HASH)) { # do something with $key and $value} #----------------------------- foreach $key (keys %HASH) { $...
回答于 2018-07-24 23:35
最后一个错误有问题,GCC编译出错,你的系统环境不清楚,建议Google一下错误原因。 有时候也贴一下错误文字,方便别人帮你搜索一下。
回答于 2018-07-24 12:08
安装插件可参照下图,然后搜索remote system: 更详细的安装可看视频《基于eclipse搭建编程环境 perl+python+R》
回答于 2018-07-24 11:07
你的脚本名字输入错了,当然没有那个文件了,no such file。 检查下文件名字对不对?我记得是get_fa_by_id.pl 是下划线; 问题很简单,仔细些,linux给你提示你要看一下,这种问题很容易解决;
回答于 2018-07-23 10:50