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擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

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3896 个回答

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请问利用MCScan软件进行共线性分析时,输入的蛋白序列是所有转录...

嗯,输入序列比对时,一个基因对应一条序列。

回答于 2018-07-26 20:01

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请问perl正则表达式的捕获中为什么老师只讲了捕获一个变量$1,如...

错误的地方好几处: 1. 35行代码:你的正则表达式书写错误,没有匹配成功,所以 $1,$2  等等也没有捕获成功,都为空; 2. 36行 qw用法有错,记得中间用空格就行,不用逗号 3.  37行代码书写错误,字符串应该用引号引起来; 最后,看看eclipse的提示:错误行,已经出现叹号,说明该行代码有问题,应该仔细检查; 编程基...

回答于 2018-07-26 17:52

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怎么下载拟南芥某个基因家族的蛋白序列,用TAIR网站搜索不到,输...

TAIR网站用的不是很熟,可以到JGI批量下载相关功能的基因,搜索家族名字例如NBS,PPR,HSP70等等,参照链接:https://www.omicsclass.com/article/50  也可在ensembl上搜索,例如到拟南芥网站:http://plants.ensembl.org/Arabidopsis_thaliana/Info/Index

回答于 2018-07-26 12:05

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利用Perl遍历哈希

处理fasta序列最好用bioperl包,非常好用,下面是代码部分,其实你不用遍历hash,直接边读序列边输出就好了: 也不清楚你要的意图,下面的代码是把fasta序列存储到%keep中,并输出到普通文本;遍历hash可参考:https://www.omicsclass.com/question/99 use Bio::SeqIO;use Bio::Seq;$in  = Bio::SeqIO->new(-file =...

回答于 2018-07-25 13:01

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在perl中怎么遍历哈希

不明白你要干啥,你是有一些基因ID,想把对应的基因序列提取出来到一个新文件,还是只是把fasta序列中的ID提取出来?问问题要明确,不要让人歧义: perl遍历hash: while(($key, $value) = each(%HASH)) {    # do something with $key and $value} #----------------------------- foreach $key (keys %HASH) {    $...

回答于 2018-07-24 23:35

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请问转录组分析中的物种分布是怎么统计出来的?

没明白你的问题,物种分布指的是什么?  请贴图或者提供更多信息,才好回答。

回答于 2018-07-24 16:53

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pip install RSeQC安装时候报错,是不是底层的库不全?怎么解决...

最后一个错误有问题,GCC编译出错,你的系统环境不清楚,建议Google一下错误原因。 有时候也贴一下错误文字,方便别人帮你搜索一下。

回答于 2018-07-24 12:08

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请问eclipse中的remote system 怎么安装

安装插件可参照下图,然后搜索remote system: 更详细的安装可看视频《基于eclipse搭建编程环境 perl+python+R》

回答于 2018-07-24 11:07

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get-fa-by-id.pl脚本文件不能被打开

你的脚本名字输入错了,当然没有那个文件了,no such file。 检查下文件名字对不对?我记得是get_fa_by_id.pl    是下划线;  问题很简单,仔细些,linux给你提示你要看一下,这种问题很容易解决;

回答于 2018-07-23 10:50

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我这个中间为什么有了空白行呢

\n是换行符号,你的替换操作在> 前面加了换行符,就有空行了; 更多正则表达式处理文本可看《perl高级编程》

回答于 2018-07-20 14:41