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提取蛋白编号信息
get_fa_by_id.pl 这个脚本是根据第一个文件信息的第一列ID信息，提取第二个文件fasta文件的中对应的序列信息，存储到第三个文件当中；所有两个文件当中的ID对应才能得到想要的序列； 分析代码： 代码中这个地方 给ID都加了个".1" 你看看你的gff 文件里面的第一列ID都加 .1 后的基因ID，与你提供的所有蛋白质序列里面的序...
回答于 2018-10-15 13:02
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MCSCANX共线性图代码报错
是用我们的biolinux做的吗？应该cd到MCScanX的安装目录，再运行代码： 检查一下gff文件是不是存在，以及格式是否正确；
回答于 2018-10-15 10:29
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mega构建进化树一般需要多少天?
这个根据自己的基因数量以及长度，bootstrap值的大小和选用的构树方法，基因数量越多，长度越长，bootstrap值越大，用时越久。 构树方法：最大似然法用时最长，NJ法用时最短。 计算机配置不高,用时一天以上也是有可能的；
回答于 2018-10-14 19:21
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老师您好，我用mega构建进化树，运行近两天半了还没有出结果，是...
一般序列较多，bootstrap设置1000次构建进化树需要的时间较长；这个和自己的电脑配置有关，以前做过500个基因，bootstrap 设置1000，用时1天时间，不过我们是在大型计算机上完成的； 普通计算机用时会更长。 还有就是选用的方法，ML方法用时最长，NJ法用时会少一些；
回答于 2018-10-14 19:17
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基因组数据版本更新导致无法根据旧的蛋白ID或基因locus提取相应...
没有看到图片； 以前的基因，你最好找到以前版本的基因组对应的版本下载下来；然后再找到相应的基因序列； 自己去对应比较麻烦；
回答于 2018-10-14 19:10
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