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运行MCScanX后，0 match 0discord
第一个截的错误：你所在的目录错误，MCScanX尝试找当前目录下mcscans这个目录，以及AT开头的AT.blast At.gff文件。你确定当前目录下存在我刚说的文件。你的截图我也看不到你当前目录有什么文件，文件是什么样的我都不清楚，无法看出其他原因； 第二个截图是你在自己安装MCScanX软件，截图不全看屏幕上的没有安装成功了；...
回答于 2018-08-17 23:37
bio-linux系统无法启动
看看这个文章最后：https://www.omicsclass.com/article/78 可能是某些设置有问题，你对着检查检查。
回答于 2018-08-17 09:17
用perl批量下载
如果你的基因组在ensembl基因组数据库网站上，看看这个视频可以批量下载：https://www.omicsclass.com/video/16
回答于 2018-08-16 18:44
无参物种可以进行基因家族分析吗？
无参物种可以做基因家族分析。 可以做转录组分析得到unigene以及基因的蛋白质序列，有了蛋白质序列我们就可以通过hmmer搜索鉴定基因家族了。但是，由于没有基因组信息，有些分析是做不了的，比如基因的染色体定位，基因结构，基因的加倍复制等等；效果会比有参的物种做基因家族差一些。
回答于 2018-08-14 09:30
老师Ht-count结果的基因名称有好多MSTRG是什么原因？
你检查你输入的gff或者gtf文件里面是不是有这样的基因ID，如果有的话就没问题。至于什么原因，要问什么？你是不希望出现这些ID，还是这些ID不知道是什么？ 提问之前看看这篇文章：https://www.omicsclass.com/article/82
回答于 2018-08-13 09:45
mac里eclipse的搭建有教程吗？
苹果笔记本也是可以安装的，下载软件的时候都下载对应mac版本就可以； 你的这个错误只有贴图我这不好说是哪里出来问题；请详细说明问题，参照：https://www.omicsclass.com/article/82
回答于 2018-08-10 11:10
三代转录组中，想找A蛋白的同源序列，blast比对到的序列有很多，...
blast比对比较粗放，很多部分比对的结果也在里面，所以你要对比对结果进行筛选，筛选出比对较好的结果，可以认为是同源基因： (a) length of alignable sequence covers [75 % of longer gene, and (b) similarity of aligned regions [75 % (Gu et al. 2002). 但是鉴定蛋白家族还是用hmmsearch搜索比较好。 参考文献 Gu...
回答于 2018-08-09 13:04
关于基因家族的鉴定
这个重复相没有描述清楚，我这不好回答你的重复是什么，你再多提供一些信息，提问要注意方法。参考：https://www.omicsclass.com/article/82
回答于 2018-08-09 12:50
基因家族鉴定
当然可以的，用这个号到pfam上下载对应的隐马尔科夫模型，用hmmsearch对该物种所有的基因的蛋白序列进行搜索，就可以得到该物种的所有具有这个结构域的基因；
回答于 2018-08-09 12:48