可以用R里面的根据分组求平均值,代码如下: data=read.csv("test.csv")group=data$TaxonomymyMeanFun<-function(x){ tapply(as.double(x),group,mean) }mydata=data[,-1]mean=apply(mydata,2,myMeanFun)write.csv(mean,file = "mean.csv")
回答于 2018-08-08 23:36
fastq文件有规律:4行为一条记录,统计一下行数最后除以4就得到read的数量,更多fastq说明《illumina二代测序原理及fastq视频课程》; 批量获取文件的行数可写一个循环: 统计当前目录下的以fastq.gz结尾文件的行数: ls *fastq.gz|while read a;do echo "$a";zcat $a |wc -l ;done
回答于 2018-08-08 21:55
你做的是两个物种基因组比对吧,MCScanX左右调换了一下,应该不影响后续分析吧;
回答于 2018-08-07 15:43
这种多基因组间的比较形式的MCScanX结果,MCScanX有脚本可以直接实现,参考:http://chibba.pgml.uga.edu/mcscan2/examples/example3.php 红框框处就是示例结果:
回答于 2018-08-06 10:44
最好贴一下报错图片或者粘贴报错信息,不然我这只能推测你的错误: 最新的JDK10好多软件没有及时更新上,有可能会报错;建议安装jdk8试一下。安装方法见:https://www.omicsclass.com/article/298
回答于 2018-08-05 14:28
绕开eclipse的代码管理打开代码,eclipse不知道用什么去运行,所以出现以上情况; 简单的编程,建议用remote system 管理本地和远程的代码,进行打开编辑等:
回答于 2018-08-02 21:47
可以使用bioperl自动翻译:https://www.omicsclass.com/article/179
回答于 2018-07-30 17:44
mutmap分析原理如下图: MutMap适合对EMS诱变的隐性突变基因进行分析。通过EMS诱变和自交得到纯合体后,将突变体和其亲本回交得到F1,F1自交得到的F2后代会出现表型的分离,得到野生型表型群体和突变体表型群体。对这两个群体的DNA分别进行等量混合,得到野生型DNA混池和突变体DNA混池。将两个混池分别进行DNA测序,得到...
回答于 2018-07-30 10:31