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怎么下载拟南芥中某个基因家族的蛋白序列
可以到JGI批量下载相关功能的基因，搜索家族名字例如NBS，PPR，HSP70等等，参照链接：https://www.omicsclass.com/article/50
回答于 2018-07-27 10:35
老师，您好！hmmsearch自己建立的hmm模型出现报错。
你建立的hmm文件有问题吧，总长度473氨基酸？超过了最大限度，你重新截取结构域再建立模型。 或者 请使用我们课程提供的biolinux 里面安装的软件分析，一般不会出错；https://www.omicsclass.com/article/526 你这个可能是安装的hmmer版本不对，请安装：3.1b2 这个版本的hmmer试试；
回答于 2018-07-26 22:32
请问perl正则表达式的捕获中为什么老师只讲了捕获一个变量$1,如...
错误的地方好几处： 1. 35行代码：你的正则表达式书写错误，没有匹配成功，所以 $1,$2 等等也没有捕获成功，都为空； 2. 36行 qw用法有错，记得中间用空格就行，不用逗号 3. 37行代码书写错误，字符串应该用引号引起来； 最后，看看eclipse的提示：错误行，已经出现叹号，说明该行代码有问题，应该仔细检查； 编程基...
回答于 2018-07-26 17:52
怎么下载拟南芥某个基因家族的蛋白序列，用TAIR网站搜索不到，输...
TAIR网站用的不是很熟，可以到JGI批量下载相关功能的基因，搜索家族名字例如NBS，PPR，HSP70等等，参照链接：https://www.omicsclass.com/article/50 也可在ensembl上搜索，例如到拟南芥网站：http://plants.ensembl.org/Arabidopsis_thaliana/Info/Index
回答于 2018-07-26 12:05
利用Perl遍历哈希
处理fasta序列最好用bioperl包，非常好用，下面是代码部分，其实你不用遍历hash，直接边读序列边输出就好了： 也不清楚你要的意图，下面的代码是把fasta序列存储到%keep中，并输出到普通文本；遍历hash可参考：https://www.omicsclass.com/question/99 use Bio::SeqIO;use Bio::Seq;$in = Bio::SeqIO->new(-file =...
回答于 2018-07-25 13:01
在perl中怎么遍历哈希
不明白你要干啥，你是有一些基因ID，想把对应的基因序列提取出来到一个新文件，还是只是把fasta序列中的ID提取出来？问问题要明确，不要让人歧义： perl遍历hash： while(($key, $value) = each(%HASH)) { # do something with $key and $value} #----------------------------- foreach $key (keys %HASH) { $...
回答于 2018-07-24 23:35
pip install RSeQC安装时候报错，是不是底层的库不全？怎么解决...
最后一个错误有问题，GCC编译出错，你的系统环境不清楚，建议Google一下错误原因。 有时候也贴一下错误文字，方便别人帮你搜索一下。
回答于 2018-07-24 12:08