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基因家族Pfam号
所有基因家族的PFAM号，可到PFam数据库里面直接得到，目前最新的是31版本： pfam数据库主页：http://pfam.xfam.org/ 所有基因家族的hmm模型： ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/Pfam/releases/Pfam31.0/Pfam-A.hmm.gz
回答于 2018-08-22 12:11
基因家族成员数
那篇nbs鉴定的原文 是哪篇？提供链接； 手动鉴定结构域建议用NCBI的：https://www.omicsclass.com/article/310 如果一个基因的多条转录本都有结构域建议选择第一条转录本为基因的代表序列，如果只有一个转录本就用那个转录本就好； 例如下面： 参考文献：https://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles/10.118...
回答于 2018-08-22 10:38
怎么样从哈希中一次取出多个值
perl 取出多个hash的值，可以用循环： 下面的代码是遍历hash： while(($key, $value) = each(%HASH)) { # do something with $key and $value}#-----------------------------foreach $key (keys %HASH) { $value = $HASH{$key}; # do something with $key and $value}#-----------------------------# %f...
回答于 2018-08-20 20:48
在hmmsearch后，出的结果tlen是不是一定要大于qlen？如果tlen小...
如果是用hmmsearch命令查询我们序列中的保守结构域： target length是我们输入序列总长度；query length 输入的查询序列也就是蛋白结构域的总长度；筛选的时候不应该筛选这两个长度，没有意义；应该看后面的两个from to 看看这两条序列从哪里到哪里比对上了； 一般我们会筛选第7列的E-value值； 要知道怎么筛选先看...
回答于 2018-08-19 08:26
运行MCScanX后，0 match 0discord
第一个截的错误：你所在的目录错误，MCScanX尝试找当前目录下mcscans这个目录，以及AT开头的AT.blast At.gff文件。你确定当前目录下存在我刚说的文件。你的截图我也看不到你当前目录有什么文件，文件是什么样的我都不清楚，无法看出其他原因； 第二个截图是你在自己安装MCScanX软件，截图不全看屏幕上的没有安装成功了；...
回答于 2018-08-17 23:37