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擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

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我现在有公共数据库其中500+种子,自己测了这种品种的一些表型...

需要自己下载对应种子的fastq文件,不用组装拼接,比对基因组上就行; 之后得到vcf文件就可以做GWAS了: 推荐课程:https://bdtcd.xetslk.com/s/RCGWQ

回答于 2024-01-28 15:06

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保留蛋白编码基因一直错误!!!

电脑内存不够killed任务,你需要增加电脑内存: 内存设置见这里:https://www.omicsclass.com/article/1413

回答于 2024-01-28 15:03

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单细胞测序分析时快速找出所有细胞类型的差异/Marker基因,执行...

可能是marker差异基因没找到,你换个方法:DESeq2 ,降低阈值等再试试;

回答于 2024-01-28 14:59

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进行基因注释过程中运行这个脚本perl $scriptsdir/pasa_extract_...

所有的输入文件路经你确认一下看看有没有问题;

回答于 2024-01-27 10:04

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单细胞测序数据FindAllMaker查找不同Cluster的Marker基因

可以设置这个参数--group.by,默认是 metadata文件里面的cluster列细胞分类类型,你看看你的metadata文件设置一下这个参数:--group.by

回答于 2024-01-27 10:02

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如何清除后台的这个镜像呢

服务器登录时有个服务器使用手册,你看看的 再有也有个docker安装使用课程你可以看看:https://bdtcd.xetslk.com/s/3Rcvt0 docker基础文档:https://www.omicsclass.com/article/1181 再有,注意区分容器ID和镜像ID;

回答于 2024-01-27 09:54

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Tassel进行自己的GWAS分析中,自动分析pca时,不生成pca1~3文件...

你在容器里面,free -h 看看内存够不够;

回答于 2024-01-27 09:51

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从ncbi中下载了sra文件到Linux中,如何把文件格式转换为fastq格...

看看报错信息在这个nohup.out 文件里面:

回答于 2024-01-27 09:48

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输出的关联区域内基因的文件是空的,难道是因为region_merged.be...

输入文件都没错,那就是关联区域里面没有基因;

回答于 2024-01-25 09:24

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请问老师怎么获得这个gff3_file_to_proteins.pl脚本来着?

这个脚本在我们的docker基因家族镜像里面你拷贝出来就行:https://www.omicsclass.com/article/2307

回答于 2024-01-25 09:23