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擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

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老师我在做比较基因组物种进化树构建的时候出现这种报错请问是什...

不知道你的电脑性能,你查看一下吧; 线程设置多了,减少些;

回答于 2024-01-22 10:57

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变异结果过滤,gatk VariantFiltration

速度和内存没关系,GATK本身比较慢,数据量大就会很慢,慢等吧, 不至于一个月,几天吧

回答于 2024-01-22 10:55

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在用EMMAX做关联分析时,#kinship 亲缘关系矩阵计算 ibs-kinship...

这个需要测试,检查输入文件是否有问题;

回答于 2024-01-19 15:15

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老师我做比较基因组的时候,准备文件阶段时用Ensembl 下载的基因...

命令行写错了,你这个:01.prepare_data.sh: line 47: /share/work/my_demo/biosoft/TransDecoder/latest/util/gff3_file_to_proteins/biosoft/TransDecoder/latest/util/gff3_file_to_proteins.pl: No such file or directory 文件路径写错了,:/share/work/my_demo/biosoft/TransDecoder/latest/util/gff3_file_to_prot...

回答于 2024-01-19 14:56

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在做GWAS关联分析,利用gapit软件报错

用的是我们的docker镜像吗?如果是看看镜像是不是用错了

回答于 2024-01-19 09:43

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安装了JAVA环境还是打不开Gepard,这要怎么办呢

看看是不是java环境没有设置正确:https://www.omicsclass.com/article/43

回答于 2024-01-19 09:37

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老师我做比较基因组的时候,准备文件阶段时用Ensembl 下载的基因...

跑的过程报错了吧,可能你电脑内存不够,导致程序没有正确跑完; docker 内存设置:https://www.omicsclass.com/article/1413

回答于 2024-01-19 09:35

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老师您好,不同引物产生的扩增子数据的长度应该是不一样的,如果...

不同 引物扩增效率 检测物种数量会有不同,结果多少会有影响的。不过影响多大和自己分析的样本环境微生物组成有关,可以在后续看看beta多样性不同引物之间是否有差异检测一下;

回答于 2024-01-19 09:32

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Fst染色体数量不对

一般选择top 5% 的fst作为候选区域,你把fst排序一下卡5%就得到阈值线。 你看看这个绘图有个参数过滤较小的染色体的,你重新设置一下;

回答于 2024-01-18 09:25

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基因组注释

课程里面有讲的,你看看的:https://bdtcd.xetslk.com/s/3QzQFb

回答于 2024-01-16 16:22