omicsgene 的回答 - 组学大讲堂问答社区

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Gemma做GWAS的时候，用Gemma自带的文件运行时， mv ./output/kin...

看看文件路径是否正确吧，你检查路径：./output/kin.sXX.txt

回答于 2024-01-03 10:45

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看看文件路径是否正确吧，你检查路径：./output/kin.sXX.txt

回答于 2024-01-03 10:45

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不同物种搜索鉴定的时候可以分开进行，最后绘图展示可以合并一起，比如进化树，不同的序列可以直接cat一起即可就可以做进化树了；镜像随便用反复用都可以，有hmm模型可以不用blast鉴定；

回答于 2024-01-03 10:44

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这个报错没遇到过，新版的GATK不推荐用这个方法了，用：GenomicsDBImport 导入数据库，再 GenotypeGVCFs 具体可以看课程：https://bdtcd.xetslk.com/s/1VQOjQ

回答于 2024-01-03 10:40

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sqlite数据库不需要任何配置，我们的镜像已经配置好了，直接使用即可, 不需要link docker run -it --rm --name annotation -v /home/super/Desktop/:/work omicsclass/genome-annotation

回答于 2024-01-02 10:57

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你的GFF里面有些基因注释可能有问题，需要测试检查才行；看看 log文件中有啥提示没有

回答于 2024-01-02 10:55

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检查命令行中带有$ 符号的变量是否设置正确

回答于 2024-01-02 10:54

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如果完全相同，是基因组注释错误导致的，建议优化删除

回答于 2024-01-02 10:52

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建议用filezilla 上传下载文件：https://www.omicsclass.com/article/560

回答于 2024-01-02 10:49

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你用错镜像了吧，新课程已经更新了镜像，你也更新一下：https://www.omicsclass.com/article/2260

回答于 2024-01-02 10:46