omicsgene 的回答 - 组学大讲堂问答社区

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GATK

gvcf是中间文件，不能用于过滤，建议看看课程： https://bdtcd.xetslk.com/s/1VQOjQ 对的GATK过滤本身就是很慢，慢慢等吧；

回答于 2023-12-13 16:51

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blastp -help blastp -version 这个命令自行查看

回答于 2023-12-13 16:43

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GATK4.4版本要求java的版本大于17 服务器之前默认的java是11版本，现在默认的更新到最新的21版本了，你重新登录服务器再试一下；

回答于 2023-12-13 11:35

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网络问题，换个网速快的，重新pull试试；

回答于 2023-12-13 09:56

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对的，hisat建立索引很占用内存，内存不够这一步过不去，建议使用云服务器分析高通量数据：https://study.omicsclass.com/index

回答于 2023-12-12 20:22

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没用过这个命令，你查查bcftools的帮助吧

回答于 2023-12-12 17:13

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orthfinder 出来的有个表格，统计家族在不同物种中的数量的，你贴到excel里面自己也可以统计；

回答于 2023-12-12 11:14

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者不是都出图了吗？你打开看看的

回答于 2023-12-12 11:12

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用-f 分组文件，和 -g 指定分组排序，你再看看视频 -s只是样本名字，没有排序；

回答于 2023-12-11 16:25

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看看你的collinearity文件有没有结果，没有结果当然跑不出来图来；检查blast文件，gff文件有没有异常， blast文件生成比较慢，确保blast正确无误跑完；

回答于 2023-12-11 15:39