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擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

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当保留蛋白编码序列时,为什么会提示有这个报错?检查发现'!'应...

这是新版agat的bug,你删除镜像重新下载一下,更新一下, 这个已经在新镜像中更新解决了; 自己安装的AGAT需要自己手动解决bug:,60行修改如下:

回答于 2023-11-14 13:32

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老师我想做GWAS分析找油脂含量及相关脂肪酸的候选基因,可以通过...

对的,可以对多个品种叶片重测序,并调查表型 油脂含量,做GWAS关联就可以找到候选的和油脂含量相关的基因了; 可以学习课程:https://bdtcd.xet.tech/s/2KgXQq

回答于 2023-11-14 10:14

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如何对已经筛选的区域进行注释呢?

你说的注释,是基因功能注释吗? 这个可以使用eggnog等功能注释并做富集分析;这个可以看这个课程中:https://bdtcd.xet.tech/s/29EigM 非模式物质GO KEGG功能注释富集分析

回答于 2023-11-14 10:11

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老师好,在运行stringtie时出现了这个报错是什么原因呢?

threads这个变量设置了吗? 也有可能是软件编译问题,建议你换个电脑试试,最好是linux服务器;

回答于 2023-11-14 10:09

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请问老师R脚本运行后没有图片输出怎么处理?

镜像脚本已经更新,你更新一下镜像和脚本:https://www.omicsclass.com/article/2286

回答于 2023-11-14 10:07

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变异注释

对的,NCBI上的参考基因组会有格式问题,需要手动调整才行;

回答于 2023-11-14 10:05

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structure_plot.r: command not found

前面代码有PATH 环境变量没有设置,你重新设置一下;

回答于 2023-11-13 14:01

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群体结构分析计算最佳K值出现问题

echo 那里 缺了空格, 或者把echo那一行删除;

回答于 2023-11-09 18:07

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gene_stat显示final_gene_stat/all_gene_structure.tsv: Permiss...

你的命令行写错了吧,你贴一下命令行,才好给你支出错误

回答于 2023-11-09 17:58

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如何绘制pi图?

染色体变号不影响绘图的,你检查检查 所有输入文件染色体编号是否一致吧

回答于 2023-11-09 09:49