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擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

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3849 个回答

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做GWAS分析的vcf文件具体是哪一个呢?

使用经过过滤的cleanvcf文件,SNP和indel都可以做gwas,indel做GWAS需要单独格式转换,因此我们一般去除INDEL只用SNP做GWAS分析;

回答于 2023-09-10 08:41

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老师您好,我在看您的视频学习docker的时候,转录组比对的时候,...

可能哪里出错了,你需要检查一下,有没有报错信息,我这才好给你分析原因

回答于 2023-09-10 08:39

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进行SNP注释的 table_annovar.pl 文件老师可否发我一份,在课程...

这个文件是镜像里面的,你学习课程在对应的docker镜像里面,也可以到官方下载:这里有官方网站可以下载:https://annovar.openbioinformatics.org/en/latest/user-guide/download/

回答于 2023-09-09 10:08

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序列出错,跟官网给的序列不一致

RNA中:UAG:琥珀密码子(amber codon)UAA:赭石密码子(ochre codon)UGA:蛋白石密码子(opal codon)DNA中:TAG:琥珀密码子TAA:赭石密码子TGA:蛋白石密码子 UAG与UGA在某些情况下也可以编码氨基酸。2007年,有研究发现UGA密码子许多硒蛋白的信使RNA中有硒半胱氨酸插入序列的存在,可以使与该序列相邻的UGA密码子编...

回答于 2023-09-09 09:41

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老师你好,遇到这种情况,该怎么办,

输入文件都打开看看,各个文件之间的ID是否对应, 基因家族课程已经更新,建议学习新的课程

回答于 2023-09-08 09:47

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跑PCR,为什么目的基因在各实验组中趋势相反?

你说的是PCR和转录组测序的基因表达量之间的差异吗? 这个是有可能的,基因的表达是有时空特异性的,首先你的两次做的样本是否一致;不一致会有差异的;

回答于 2023-09-08 09:46

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有系谱记录的群体做GWAS分析需要怎么处理表型数据呢?

表型数据一般不用处理,

回答于 2023-09-08 09:43

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Fasttree构建进化树关于文件格式转换。

你可以试一下,不排序如果不报错就没问题

回答于 2023-09-07 10:57

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NCBI基因组格式修改的时候报错,蛋白质文件无法解析

没用过这个脚本,你再看看吧,或者到其他网站下载参考基因组文件

回答于 2023-09-06 09:24

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NCBI基因组格式修改的时候报错,蛋白质文件无法解析

没用过这个脚本,你再看看吧,或者到其他网站下载参考基因组文件

回答于 2023-09-06 09:24